5.完善種子生產經營許可和質量管理制度
一是關于生產經營許可。現行種子法將種子生產和經營作為兩個環節分開管理，不利于“育繁推一體化”種子企業的形成，也不利于加強對種子生產數量和質量的源頭控制。為此，修訂草案將原法“種子生產”、“種子經營”、“種子使用”合并為“種子生產經營”一章，將種子生產許可證和種子經營許可證合并為種子生產經營許可證；完善種子生產經營許可證分級審批制度，將“育繁推一體化”種子企業的種子生產經營許可證由國務院行政主管部門核發，下放由省級政府主管部門核發；明確將具有無檢疫性有害生物的種子生產地點作為申請種子生產經營許的條件；規范種子生產經營許可證的載明事項，許可證應載明生產經營者名稱、地址、法定代表人名稱等，明確載明事項變更的應在30日之內向原核發機關申請變更登記，禁止轉讓種子生產經營許可證；完善種子生產經營檔案管理制度，明確生產經營檔案的具體載明事項及種子樣品保存期限由國務院農業、林業行政主管部門規定；明確“育繁推一體化”企業生產經營許可證的有效區域為全國；明確銷售種子應當符合國家或者行業標準，附有標簽和使用說明，建立標簽和使用說明的真實性原則；規范種子標簽的載明事項，應標注種子品種審定或登記編號、生產經營者及注冊地、種子生產經營許可證信息代碼等，明確銷售授予植物新品種權的種子的，必須標注植物新品種權號。修訂草案將種子生產和經營許可證兩證合一，下放“育繁推一體化”企業種子生產經營許可證審批權限，符合黨的十八大和十八屆三中全會關于深化行政審批制度改革的精神，有利于降低行政管理成本和種子生產經營成本。
二是關于種子質量管理。為規范種子質量監管行為，加大種子質量監管力度，修訂草案將原法“種子質量”、“種子行政管理”合并為“種子監督管理”一章，在種子質量檢驗、行業自律管理、信息發布及監管等方面作了完善，主要包括：授權國務院農業、林業行政主管部門制定種子質量檢驗辦法；將沒有標簽的種子認定為假種子；規定種子生產經營者依法自愿成立種子行業協會，明確種子協會的服務職能；禁止在種子生產基地從事檢疫性有害生物接種試驗；建立統一的種業信息發布平臺、監管平臺和植物品種標準樣品庫，明確省級以上政府農業、林業行政主管部門建立品種審定、登記、植物新品種保護、生產經營許可、市場監管等種業信息發布制度。我國自上世紀90年代開始，開展了種子質量認證試點，積累了一定的經驗。考慮到修訂草案實行品種審定或登記等約束力較強的強制性制度，草案規定了種子認證實行自愿原則，種子生產經營者可自愿向具有資質的認證機構申請，經認證合格的可在包裝上使用認證標識。通過質量認證的種子，與未經質量認證的種子相比，前者的可信度高。
三是關于品種退出。現行種子法對于種植多年后不再適宜生產，需要退出的種子品種沒有退出規定，各級農業、林業行政主管部門雖然確定了一批不宜種植的品種，但由于沒有法律支持，對于繼續銷售已退出品種種子的行為無法有效監管。為此，修訂草案建立了強制性品種退出制度，規定審定通過的農作物和林木品種出現不可克服的嚴重缺陷不宜繼續經營、推廣的，經原審定委員會審核確認后，由原公告部門發布公告，停止經營、推廣。
四是關于特許經營備案。現行種子法規定對農民個人自繁自用的常規種子在集貿市場出售、串換，以及經營不再分裝的包裝種子、委托銷售、設立分支機構等四種情況可以不辦理許可證，這使得一些違法經營行為很難界定，增加了種子管理的難度。在征求意見過程中，各地普遍提出應刪除農民個人在集貿市場上出售、串換自繁自用剩余種子不需辦理許可證的規定，加強對其他三類許可的備案管理。為此，修訂草案取消了允許農民將自繁自用剩余常規種子進行出售的規定，但為了滿足一些地方農民交換種子的實際需要，保留了允許農民串換的規定。同時，草案對經營不再分裝的包裝種子、委托銷售、設立分支機構三種情形，完善了備案制度，要求種子生產經營者在辦理、變更營業執照或者獲得書面委托后，應及時向縣級政府農業、林業行政主管部門備案。
6.完善種業安全審查評估制度
現行種子法僅對外資進入種子生產經營領域進行了規范，在征求意見過程中，種子種苗管理部門、種子企業、科研機構等都普遍對外資大規模進入威脅我國種業安全表示擔憂，提出應對外資進入育種、科研領域以及企業并購行為等進行法律約束，保護我國種子產業安全。為此，修訂草案完善了種業安全審查評估制度，主要包括：建立種業安全審查機制，規范國內種子企業、科研機構與外國人、外國企業或外國其他組織開展的技術合作，從事品種研發，以及外資投資或并購境內種子企業的安全審查工作；規范種質資源的進出口和國際交流合作，與境外開展種子資源合作研究利用，應當經國務院農業、林業行政主管部門批準，避免種質資源及利益流失；規定外商投資種子企業的生產經營許可證由省級農業、林業行政主管部門審核，國務院農業、林業行政主管部門核發。
修訂草案關于完善種業安全審查評估機制的規定，將黨中央提出的“把13億人口的飯碗牢牢端在自己手中”和國務院關于關系國家安全的重要農產品需進行并購安全審查的規定上升為法律規范，有利于防止特有種質資源和先進育種技術流失，避免我國主要農作物種子市場被外資控制，確保國內種業安全和糧食安全。
7.完善轉基因品種監管制度
轉基因問題是社會關注的一個熱點問題。一方面轉基因技術需要發展，另一方面消費者對于轉基因食品的安全性存有一些疑慮。現行種子法對轉基因品種管理已有規定，要求“轉基因植物品種的選育、試驗、審定和推廣應當進行安全性評價，并采取嚴格的安全控制措施”。在草案起草中，有關行政主管部門提出，應進一步加強對轉基因品種生產經營的風險控制，建議增加對從事轉基因植物種子生產經營企業許可證的管理。為此，草案規定從事轉基因植物種子生產經營的企業，其生產經營許可證由國務院行政主管部門核發。為了回應消費者對農業轉基因生物產品的疑慮，草案增加了由國務院農業、林業行政主管部門“加強跟蹤監管”和“及時公告有關轉基因植物品種審定和推廣的信息”的規定，尊重和保障公眾的知情權。
8.完善種子執法制度
現行種子法規定，農業、林業行政主管部門是種子行政主管機關，但未明確其所屬的種子管理機構的法律地位，目前林業部門由種子種苗管理機構執法，農業方面有的地方由種子管理機構執法，有的地方由農業綜合執法機構執法，也有的地方由種子管理機構和農業綜合執法機構聯合執法等。為此，修訂草案完善了種子執法體系和執法手段，主要包括：明確農業、林業行政主管部門所屬的綜合執法機構或者農業、林業行政主管部門委托的種子管理機構，有權開展種子執法工作；農業、林業行政主管部門在在執法中可以進入生產經營場所進行現場檢查，對種子取樣測試、試驗或者檢驗，查閱、復制相關合同、票據、賬薄、生產經營檔案等有關材料，可以采取查封、扣押等行政強制措施。
作出上述規定的理由：首先，明確綜合執法機構的執法主體地位，符合黨的十八屆三中全會提出的“整合執法主體，相對集中執法權，推進綜合執法”改革精神，與農業法關于“實行綜合執法，提高執法效率和水平”的規定一致。其次，委托種子管理機構進行執法符合行政處罰法的有關規定。行政處罰法規定，行政機關依照法律、法規或者規章的規定，可以在其法定權限內委托符合條件的組織實施行政處罰。種子管理機構在執法中，以農業、林業行政主管部門的名義行使行政處罰權，其行為后果由行政主管部門承擔。第三，委托執法與綜合執法并不矛盾，可以有效解決行政部門“權責不匹配”和種子管理機構“有責無名份”問題。目前，全國有25個省制定了種子法實施細則，其中14個省授權種子管理機構、11個省委托種子管理機構行使相應的行政處罰權。地方從實際出發作出了規定，修訂上位法時，合理的就要采納。第四，通過委托方式明確種子管理機構的執法地位，有利于綜合執法機構和種子管理機構整合力量，增強執法力量。對此，各方面的意見是一致的，特別是農業、林業部門從事種子種苗管理的執法人員，倍受鼓舞，認為有這一條規定，使他們的執法工作有了法律依據。
