（三）市場化發展階段（2000年至今）
2000年頒布實施的《中華人民共和國種子法》，為打破國有種子公司壟斷經營，推動多元市場主體發育提供了法律保障，種業進入從計劃體制向市場經濟體制轉型發展階段。這一階段有三個特點：一是種業生產經營由單一主體逐步向多元主體轉變；二是種業發展由主要靠行政推動向政府推動加市場拉動轉變；三是種子經營和管理體制全面實現政企、事企分開。在種子法的統領下，國務院及農業、林業部門先后制定出臺了40多項配套法規和規章，全國25個省、區、市制訂了地方性種子法規，形成了以種子法為核心的多層次的種業法律法規體系，我國種業發展進入了依法治種時期。
一是良種培育能力提高，植物新品種保護力度加大
種子法實施以來，我國大力推動農業種質資源庫（圃）建設，長期保存各類農作物種質資源43.3萬份，居世界第二位，收集野生植物種質資源5萬余份，從國外引進種質資源2.3萬多份，保護瀕危物種59個；建成26種作物的100個國家農作物改良中心、46個國家重點實驗室和59個國家工程技術研究中心；啟動實施分子育種專項和36種作物產業技術體系創建，創制了1萬多份具有應用價值的育種材料。
林業建立自然保護區2126處、面積18.4億畝，約占國土面積的12.8%；建立森林公園2583處、面積2.52億畝，對285萬株珍稀古樹名木進行掛牌保護；建立13個國家林木種質資源專項保存庫和22個綜合保存庫，保存樹種2000多種，保存林木種質資源5萬余份。
培育推廣了一批高產、優質、多抗、高效的主要農作物新品種。2011年以來，通過國家和省級審定的主要農作物品種21678個，其中國家級審定2244個，農作物良種覆蓋率達到96%；通過審（認）定的林木良種5360個，主要造林樹木良種使用率達到50%以上。
植物新品種權申請量年均增長40%，年申請量在國際植物新品種保護聯盟成員中排名前4位。目前，農業已公布了9批、93種植物新品種保護名錄，授予新品種權4018個，有效品種權2900件；林業已公布5批、198種植物新品種保護名錄，授予新品種權658個。截至2013年，全國共受理植物育種發明專利申請8400多件。
育種科研隊伍迅速發展。目前全國有450多家專業科研院所，5萬多名專家和科技人員從事育種工作，其中與育種有關的兩院院士25位。
二是種子企業實力增強，供種能力提升
種子企業在市場競爭中逐步成長。截至2014年底，全國有持證農作物種子經營企業5064家，其中“育繁推一體化”企業70多家（注冊資本1億元以上），種業前50強企業的經營額由2001年的30億元提高到240億元，市場占有率由10%提高到33%。國內種子市場銷售額為780多億元，是僅次于美國的第二大種子市場。在林木種苗方面，持證企業近8萬家，種苗產業年產值2000多億元。可喜的是，企業的創新能力快速提升，研發投入不斷加大，2014年企業選育國審玉米、水稻品種分別占62%和48%。
目前我國農作物良種的商品供種率達到60%，能夠滿足農業生產240多億斤常年用種量的需求。其中，雜交水稻和雜交玉米種子的商品供種率達到100%，全部實現了精選加工、統一包裝和標牌銷售。小麥已由過去的農民自留種發展到60%以上的商品供種率。
三是種業政企分開，政策保障體系初步建立
目前，全國農業種子管理機構2679家，90%的涉農縣區都有種子管理機構，政企、事企全面分開。31個省、區、市和四個森工集團建立了林木種苗管理機構，1500多個縣級林業行政主管部門設立了林木種苗管理機構。各級財政加大對種業發展的投入，扶持建設了一批農作物品種改良中心、繁育基地、質檢中心和區域試驗站。國家對種子企業實行稅收優惠政策，免征增值稅，實施良種補貼政策，設立種業專項資金或基金等，支持政策初具雛形。社會資本進入種業明顯加快。種業國際化邁出新步伐，一些國內大型種企在東南亞、非洲、南美等地設立了28家公司。
可以說，在農林領域，種業是依法治理成效比較明顯的產業之一。
二、我國種業發展面臨的新挑戰
與國外農業發達國家相比，我國農業競爭力先天不足，近些年又進入成本快速上升時期。加入世貿組織以來，我國農產品進口年均增長超過20%，進口額每3年翻一番，大宗農產品已是全面凈進口，農產品進出口貿易逆差額逐年擴大。今后若干年，因人口增長和消費水平提高產生的農產品剛性需求擴大趨勢不可逆轉，因城鎮化加速產生的耕地和水資源減少趨勢不可逆轉，因比較優勢缺失產生的國內大宗農產品價格與國際市場價格差距擴大趨勢不可逆轉，因上述原因產生的農產品進口擴大趨勢不可逆轉。緩解“四個不可逆轉”，關鍵看農業科技，農業科技關鍵看種業。
我國種業發展急需解決的幾個主要問題：（一）育種科技創新體系
2011年5月9日，時任國務院副總理的回良玉同志在全國現代農作物種業工作會議上的講話中，提出我國農作物品種選育存在“四多四少”問題，即：“我國商業化的種業科研體制機制尚未建立，產學研分割、育繁推脫節，育種方法、技術和模式落后，品種選育集成度低，成果評價及轉化機制不完善，品種選育目標不適應生產需要。選育的品種多，但突破性的品種少，相當部分品種是低水平重復；通過審定的品種多，但較大面積種植的品種少，且品種名稱混亂、一品多名和多品一名問題突出；高產品種多，但綜合性狀好、品質高、抗逆性和適應性強的品種少，不適應我國病蟲多發、異常天氣頻發的趨勢；適合人工勞動的品種多，但適合機械收割的品種少（特別是棉花、油菜等經濟作物），不適應農村勞動力轉移、農業機械化快速發展的新形勢。同時，受生產方式、加工工藝設備和檢測技術等因素影響，我國種子質量水平不高，種子活力差、發芽勢弱、健康度低，導致出苗率低、攜病帶菌等問題”。我國60%以上的玉米品種親本使用通用資源，低水平重復。
造成“四多四少”的原因是多方面的：一是投入和技術方面的原因。長期以來，我國80%的科研經費用于商業化育種，種質資源收集改良、育種方法、技術創新等基礎性、前沿性研究投入不足，育種方法滯后。分子育種缺少成果驗證和產業化轉化環節，種質創新速度慢，制約著突破性大品種的選育。二是科研管理方面的原因。千軍萬馬從事商業化育種，項目資源、材料資源和人才資源分散，難以集中優勢資源攻關。絕大部分種子企業育種能力不足，科研基礎薄弱。三是科研評價體系方面的原因。“重立項輕驗收”、“重論文輕專利”、“重數量輕質量”的科研評價體系，不利于催生原創性成果。四是品種審定制度方面的原因。品種審定以產量標準為導向，品種同質化嚴重。品種審定標準、程序以及公平性、透明性、合理性等，都有待完善。一些地方反映，在品種審定中，有的將老品種當新品種審定，換個名稱再審定，換個省區還審定；有的將同一品種多次審定或用其他品種冒牌、套牌，造成“一品多名”或“多品一名”；有的把他人的材料改換名稱，搶先審定，侵害了原始品種所有人權益；有的鉆審定程序的空子，通過控制品種進入市場的時間，搞權力尋租。在審定過程中，有的地方的一些工作人員利用審定資源緊缺搞權力尋租，違反了法律法規，也引起育種者的不滿，必須嚴肅執法執規，糾正此類行為。
