不同的抗菌藥各有其不同的適應癥。青霉素類、四環素類、氯霉素、紅霉素等主要對革蘭氏陽性菌引起的疾病，如豬丹毒、破傷風、炭疽、馬腺疫、鏈球菌性炎癥、敗血癥等有效；氨基甙類、氯霉素等對革蘭氏陰性菌引起的疾病，如巴氏桿菌病、腸炎、泌尿道炎癥的效果不錯；耐酶青霉素是對耐青霉素G金黃色葡萄球菌所引起的呼吸道感染、敗血癥的首選藥物；慶大霉素、多粘菌素類等對綠膿桿菌引起的創面感染、尿路感染、肺炎、敗血癥等有效；磺胺類藥物主要對大多數革蘭氏陰、陽性細菌如鏈球菌、肺炎球菌、沙門氏菌、化膿棒狀桿菌等均有較高的抑制作用。
選擇合適的劑量和療程
抗菌獸藥在使用時，要選擇好所用的劑量和適宜的療程。一般開始治療時可選用較大劑量，待血藥濃度達到較高程度后，再根據病情酌減劑量。藥物的療程可視疾病類型和患畜病況而定。急性感染的病例其療程不宜過長，在感染控制后3天左右停藥。對于一些慢性感染的病癥則應適當延長療程，以鞏固其療效。否則盲目加大劑量會造成藥物和經濟上的損失，還可使患畜產生不良反應。若用量不足或療程過短，則起不到治療作用，使細菌產生耐藥性。
聯合用藥可發生拮抗作用
聯合用藥如果選擇得好，即可獲得協同和累加作用，以提高其療效，減少抗菌藥物用量，減小毒性反應；如果選擇得不好，則可能出現拮抗作用。所以聯合應用抗菌藥應選擇最佳的藥物聯合。一般情況下兩種抗菌藥聯合應用，特殊情況下選3種或3種以上的藥物聯合應用。但在聯合用藥時應注意可能出現的配伍禁忌。
1、在輸液中，有些藥物混合后常出現渾濁、變色、沉淀及降低抗菌活性。如青霉素G不宜與四環素類、氨基甙類、多粘菌素E、兩性霉素B、磺胺藥鈉鹽及碳酸氫鈉、氨基酸、維生素C、去甲腎上腺素、氯丙嗪等聯合靜脈注射。
2、四環素類與多種藥物都有配伍禁忌，適宜單獨靜脈注射給藥，不宜與含鐵、鈣、鋁、鎂、錫等藥物或飼料同服，因可形成不易溶解的復合體而影響吸收；也不宜與碳酸氫鈉同服，因后者可使pH值升高而降低其溶解度。
3、兩種藥物合用時，可引起毒性加劇。如氨基甙類與頭孢菌素類合用，可引起急性腎小管壞死。
明確臨床指征避免濫用藥
根據臨床診斷、患畜全身狀況及感染的輕重選擇合適的抗菌藥。
1、診斷為病毒病或已被病毒感染的不宜應用，因為一般抗菌藥，特別是抗生素都無抗病毒作用。
2、患畜發熱原因不明不宜應用，因使用后可使病原微生物不易被檢出，由于臨床表現不典型而影響正確診斷或延誤及時治療。
3、盡量避免皮膚、黏膜等局部應用，防止發生過敏反應或引起耐藥菌產生。
