棚室秋茬番茄由于花芽分化期和開花座果期分別處于控溫、遮蔭條件與比差很大的高溫、強光、低濕度的定植條件下，因此就相應需要較精細的生產管理措施。否則就容易出現畸形果問題。通常我們見到的裂果和僵果現象比較多。但一部分在育苗期過度遮蔭的秧苗，在結果始期和末期還容易出現空洞果現象。一般而言，番茄果實橫裂、頂裂的先天原因是開花期對花器供鈣供硼不足引起的。而低溫干燥也不利于鈣、硼的吸收故低溫時裂果也非常嚴重。當棚室管理條件失衡，番茄植株短時段會回復到營養生長旺盛的狀態，也一樣會引發裂果現象。僵果則是由于番茄開花時溫度、光照等條件不適宜，或本來要落的花，經生長調節劑處理，抑制了離層的形成，勉強坐住的果實，由于得到的光合產物太少，不能膨大，形成了小僵果。同樣，空洞果一是因番茄花芽發育過程中，由于高溫、日照不足，二是因使用生長調節劑濃度偏大或激素處理過早造成的。我們在田間多見的空洞果，主要由激素使用不當造成的。
針對性管理措施：(1)根據經驗，育苗至移栽期間避免高溫、過度遮蔭及供水過量，這是控制花芽分化條件的關鍵性時段，均衡的溫、濕度及光照條件必須嚴格滿足，才是秋茬棚室番茄中后期正常生長發育的保證。（2）在秋茬棚室番茄上使用激素更需要慎重，無把握時最好先噴小量以觀察效果，不然帶來的不利后果則會很大。（3）番茄開花結果期除均衡控制環境條件外，如發現有頂裂跡象，就應立即補鈣補硼。但通常以噴面肥形式噴施2-3次含鈣和硼的肥料即可解決問題。（4）秋茬棚室番茄由于栽培綜合環境限制，在第二穗果以上需要及時疏果，密植時每穗留三個果，至多四個。這樣才能均衡營養供應，減少營養爭奪而形成裂果和僵果的現象發生。
針對性管理措施：(1)根據經驗，育苗至移栽期間避免高溫、過度遮蔭及供水過量，這是控制花芽分化條件的關鍵性時段，均衡的溫、濕度及光照條件必須嚴格滿足，才是秋茬棚室番茄中后期正常生長發育的保證。（2）在秋茬棚室番茄上使用激素更需要慎重，無把握時最好先噴小量以觀察效果，不然帶來的不利后果則會很大。（3）番茄開花結果期除均衡控制環境條件外，如發現有頂裂跡象，就應立即補鈣補硼。但通常以噴面肥形式噴施2-3次含鈣和硼的肥料即可解決問題。（4）秋茬棚室番茄由于栽培綜合環境限制，在第二穗果以上需要及時疏果，密植時每穗留三個果，至多四個。這樣才能均衡營養供應，減少營養爭奪而形成裂果和僵果的現象發生。
