微生物肥料是指一類含有活的微生物并在使用中能獲得特定肥料效應能增加植物產量或提高品質的生物制劑。
1.增加作物產量
各類微生物肥料的增產幅度在10% 左右，其中以復合微生物肥料增產效果最明顯，達到20% 以上。研究表明：單獨施用微生物肥料沒有配施有機肥或化肥對馬鈴薯的增產效果明顯，但是微生物肥料在作物增產中只起到輔助作用，不能代替有機肥和化肥而單獨使用。
2.改善作物品質
微生物肥料能改善作物品質已是不爭的事實。 某些微生物肥料即使沒有明顯的增產作用，但仍然能改善作物品質。 施用微生物肥料能夠在明顯提高蔬菜含糖量和維生素C含量的同時降低蔬菜的硝酸鹽含量。
微生物肥料對水果品質的影響也比較明顯。劉利軍等人的研究表明：在使用微生物肥料后，碭山酥梨葉片氮含量顯著降低，微量元素含量、糖酸比、含糖量和Vc 含量等明顯增加，并證明了果實的品質、耐貯性和梨果的等級均顯著提高。
3.減輕病蟲藥害
試驗結果表明微生物肥料對大田棉花枯萎病和茄子黃萎病均具有穩定的控制作用，病情指數分別降至38.2 和23.5。煙草專用微生物肥料能減輕煙草病毒病害、促進煙草的生長，降低雜氣和刺激性。微生物肥料能有效減輕土壤中殘留除草劑對作物的藥害。
4.改善土壤結構
長期施用微生物肥料，能夠恢復土壤團粒結構的形成，起到疏松土壤、消除土壤板結、改善土壤結構的作用。
據報道，在北方寒地黑土上連續3年施用土壤磷素活化劑，土壤容重下降0.1~0.3，疏松土壤效果非常顯著。也有研究表明施入微生物菌肥后，由于微生物大量繁殖，促進了土壤中有機質的釋放，改善了土壤的理化性質，增加了土壤團粒，改善了土壤結構。
