隨著近幾十年作物日益高產對土壤養分的掠奪、化肥施用過量和不均衡等行為造成的土壤惡化問題開始顯現。事實上，無論從政府層面還是農民層面，大家均認識到當前制約生產的主要問題是土壤問題。2013年國土資源部公布的第二次全國土地調查數據顯示，全國有67.35%的耕地為中低產田。
多方研究數據以及北京新禾豐近年來對全國土壤的調查顯示，中國耕地土壤存在多方面的問題。
土壤養分方面，蔬菜區域存在大量元素養分尤其是磷、鉀養分富集的問題；全國耕地中量元素，尤其是鈣、硫虧缺嚴重，且缺乏面積還在進一步加大。值得注意的是，中國南方部分地區缺鎂嚴重，東北、河南、內蒙古等地區缺硫嚴重；東南沿海地區缺鈣嚴重。另外，全國土壤微量元素缺乏面積與全國第二次土壤普查數據相比，面積仍然較大，尤其是有效鋅的缺乏面積比例由90年代的51.5%上升到2002年的65.8%，有效鐵的缺乏面積由90年代的5%上升到2002年的24.4%。
土壤酸堿度方面，中國農業大學張福鎖團隊的研究顯示，全國主要農田耕層土壤pH值下降幅度為0.13～0.8，平均下降了約0.5個單位。
土壤鹽漬化、結構方面，由于灌溉不當與施肥不合理，大棚和溫室栽培模式下，高達28%以上的土壤鹽分高于臨界值600μS/厘米，多數作物在這種鹽分條件下生長均會受阻，設施土壤的次生鹽漬化情況亦十分嚴峻。而據北京新禾豐對北方設施栽培的調查顯示，上千個樣本近90%的比例顯示，設施栽培土壤存在次生鹽漬化、板結、青苔甚至紅苔等問題。
土壤污染方面，據2014年4月17日由國土資源部和環境保護部發布的《全國土壤污染狀況調查公報》顯示，中國耕地的土壤點位超標率為19.4%，主要污染物為鎘、鎳、銅、砷、汞、鉛、滴滴涕和多環芳烴。據估計，中國耕地土壤的重金屬污染面積大概在16.67%左右，約占中國耕地總量的1/6。其中鎘是當前中國耕地土壤重金屬污染最主要元素，污染發生概率高達25.2%。
在中國耕地本身基礎條件較差的情況下，加之這幾十年農戶片面追求單產對土壤養分的掠奪，不合理施肥對土壤的傷害，以及農資產品、工業及生活廢棄物等對土壤的污染，中國耕地已經到了必須要改良的地步。
