我國為了化肥行業能更好的適應現代農業的發展，達到節肥、增產的目的，在九月份實行了化肥征收增值稅政策。在化肥產能過剩、產品過剩，行業舉步維艱的市場背景下，增值稅的出臺無疑令全行業的運營困難重重。盡管相關負責人解釋增值稅為流轉稅，理論上不會對企業造成影響，但是與生產企業比較而言，流通企業如何轉嫁增值稅而不影響自身的成本運營成為一道必須要面對的嚴峻課題。與此同時，電商所帶來的巨大沖擊也為流通環節的企業敲響了警鐘，轉型升級勢在必行。
繼化肥相關優惠政策陸續調整和取消后，化肥增值稅的恢復無疑是對現行產業運營的又一沖擊。中國農資流通協會副會長張永埔提到增值稅的問題，意識到這一政策的出臺預示著化肥已經開始從特殊商品轉為重要商品，再由重要商品向普通商品轉變。增值稅的恢復從宏觀角度看，可能對我國化肥的進出口平衡產生一定影響，從國內市場來看加大了經營成本，使本來微利的化肥行業收益下降甚至無利可圖。
目前市場有聲音認為，農資產業已經到了最急迫的階段。首先，由于增值稅不允許抵扣途中運輸成本、下站費用、財務費用不能計入成本抵扣，所以經營環節毛利收窄。第二，增值稅對于生產企業來說沒有太大影響，首先它可以計入成本，其次可以抵扣，無論多少的增值稅都可以轉嫁給流通環節，而流通環節需要轉嫁給農民，否則就要自己消化。第三，增值稅是以票制稅，基層市場的經銷商和夫妻店及一些私營企業將會實行比較靈活的征稅辦法。張永埔進而分析了更深層次的影響。
首先，增值稅出臺后，有可能使流通環節的經營額下降，而且是大幅度下降。增值稅是每一次經營都要繳稅，所以環節越少繳稅越少。譬如生產企業將化肥銷售給省公司，省公司將會直接對接基層，從中減少市公司、子公司等環節。取消若干環節后，就等于減少了銷售額，經營額就會下降。所以增值稅的出臺將會改變現行化肥的經營模式、管理模式、經營格局，甚至經營理念都會改變。
其次，增值稅的出臺對行業影響，因為政策帶有一定的普遍性，市場上的主體都要遵守制定的規則運行，從業者需要從心態上進行調整。增值稅出臺后國家特別是稅務部門還有一些必要的輔助的措施。
第三，伴隨增值稅的恢復，行業特別是流通企業需要研究轉型升級的問題。
