盡管甘肅省率先爭取省級財政支持補貼配方肥，廣泛開展宣傳培訓，鼓勵引導企業生產配方肥，積極探索了許多行之有效的配方肥供應模式。但是企業參與項目的積極性仍需進一步調動，仍有許多難題亟待突破。
政策難題
據了解，當前肥料登記中把配方肥納入摻混肥或復混肥管理，肥料企業需要生產許可證和肥料登記證，同時肥料登記實行“一品一證”，這個規定給配方肥的推廣造成一定困難。
省農業節水與土壤肥料管理總站分析指出，一是大中型肥料企業不愿意生產配方肥。主要原因是配方肥區域性、針對性強，大中型企業肥料規模化生產、批量化供應與配方肥小批量需求之間的矛盾難以突破。同時大中型企業配方肥生產量大、銷售區域廣、肥料種類多，實行“一品一證”后需要辦理的登記證較多，制板、包裝等制做時間長、費用高，影響企業參與積極性。二是小型企業不能生產配方肥。小型肥料企業可以滿足配方到戶、到地、到村的需求，滿足農民個性化需求，但多數小型肥料企業由于軟硬件受限不能辦理生產許可證，小型企業的存在與法律法規沖突，面臨著生存困境。三是經銷企業不愿經銷配方肥。目前市場上出現了氮磷鉀比例眾多的復混肥，很多氮磷鉀的比例與農業部門公布的配方相近，而且不受作物、地點、季節的影響，便于產品生產、銷售和庫存，而配方肥銷售區域、適用作物限制性強，經銷靈活性差，經銷商不愿意經銷配方肥。
有關部門建議加強配方肥管理，在三部委《關于加快配方肥推廣應用的意見》的基礎上，研究出臺操作性強的配方肥管理辦法，解決大中型企業“一品一證”和小型企業“生產許可證”難辦的問題，從政策層面解決企業參與測土配方施肥工作的積極性。
價格難題
據省農業節水與土壤肥料管理總站調研，配方肥與普通摻混肥相比，沒有價格優勢，造成配方肥進村、入戶、倒地比較困難。
據了解，市場普通摻混肥根據氮肥、磷肥、鉀肥市場價格，靈活調整氮磷鉀的比例，同一種摻混肥生產批量較大；而配方肥根據土壤測試結果、作物需肥規律、目標產量等因素確定氮磷鉀比例，一般鉀、磷比例較高，而鉀、磷肥料單位價格比氮肥高，造成同養分的配方肥生產成本高于普通摻混肥。配方肥針對性強，同一配方的配方肥生產量不大，包裝、庫存成本增加，配方肥沒有價格優勢。同時，一線肥料經銷商直接面對農民，他們對農民購肥影響力很大，他們推什么肥，農戶一般就買什么肥。但經銷商追求利潤最大化，普通復混肥、摻混肥由于大批量生產零售利潤大，配方肥由于小批量生產利潤相對較小。因此，在現有的管理體制下，一線肥料經銷商經營配方肥的熱情不高。
技術難題
測土配方施肥技術與農田節水、土壤有機質提升等主推技術集成力度不夠，研發的配方針對性不強，生產的配方肥適用性不高，限制了配方肥的大面積推廣應用。
如“全膜雙壟溝播技術”，要解決覆膜后追肥難、生產后期脫肥的問題，就需要研究緩控釋配方施肥技術；在灌區和日光溫室等保護性耕作中主推的膜下滴灌、壟作溝灌、壟膜溝灌技術中，需要研究推廣灌溉、施肥相結合的水肥一體化施肥技術；在種植綠肥、秸稈還田、增施有機肥等土壤有機提升行動中，要充分考慮到有機肥在培肥地力、增加土壤養分方面的貢獻，需要研究有機-無機相結合的施肥技術。但是，由于試驗研究基礎數據較少、技術集成力度不夠，為重大技術提供支撐的肥料配方較少，制約了配方肥的大面積推廣應用。
