利用大棚栽培西瓜，常發生炭疽病和菌核病，生產上需從播種期就開展防治。
炭疽病 采用農業措施預防，如實行輪作、增施磷鉀肥、開深溝排水、畦面鋪秸稈等。種子可用福爾馬林100倍液浸種30分鐘，清洗后播種。根據發病規律，在幼苗期噴一次藥，伸蔓后至結瓜前用甲基硫菌靈連續防治2次，結瓜后每隔7～10天噴一次甲基硫菌靈，連續防治3～4次。重病田可混噴0.3%～0.4%磷酸二氫鉀溶液。其他適用藥有多菌靈、代森鋅、1∶1∶200倍波爾多液等。
菌核病 避免連作，最好與非瓜類作物實行2～3年輪作。有條件的實施水旱輪作，選擇排水良好的沙壤土地種植，同時選用耐病品種。加強栽培管理：基肥以雞糞、餅肥、優質復合肥為主，平衡配方施肥；開好田間“三溝”，不能大水漫灌；及時整枝打杈，降低田間郁蔽程度。田間發現少量病株后及時拔除，減少菌源，改善通風透光條件，西瓜收獲后徹底清理病殘體。發病初期用50%速克靈可濕性粉劑1000倍液噴霧，每隔5～7天一次，連續防治2～3次。遇連續陰雨天氣或棚內濕度過大時，可用15%腐霉利煙熏劑熏煙，每畝用藥200～250克。
