鴨種蛋產出母體時會被泄殖腔排泄物污染，接觸到產蛋箱內糞便時會加重污染，為保持種蛋的清潔衛生，必須對種蛋進行嚴格消毒。
從理論上講，最好在鴨蛋產出后立即消毒，這樣可以消滅蛋殼上的絕大部分細菌，防止其侵入蛋內，但在實踐中無法做到。比較切實可行的辦法是每次撿蛋完畢，立刻在鴨舍里的消毒室或者送到孵化場消毒。種蛋入孵后，應在孵化器里進行第二次消毒。
1.消毒方法
⑴甲醛熏蒸消毒法。每立方米空間用42毫升福爾馬林加21克高錳酸鉀密閉熏蒸20分鐘，可殺死蛋殼上95%以上的病原體。在孵化器中進行消毒時，每立方米用福爾馬林28毫升加高錳酸鉀14克，但應避開發育到24～96小時的胚齡。
⑵過氧乙酸熏蒸消毒法。每立方米用16%過氧乙酸40～60毫升加高錳酸鉀4～6克，熏蒸15分鐘。
⑶消毒王熏蒸消毒。用消毒王Ⅱ號按所購產品說明書的規定劑量熏蒸消毒。
⑷新潔爾滅浸泡消毒法。用含5%的新潔爾滅原液加水50倍，即配成1：1000的水溶液，浸泡3分鐘，水溫保持在43～50℃。
⑸碘液浸泡消毒法。將種蛋浸入1：1000的碘溶液中0.5～1分鐘。浸泡10次后，溶液濃度下降，可延長消毒時間至1.5分鐘或更換碘液。溶液溫度保持在43～50℃。
⑹紫外線消毒法。將種蛋放在紫外線燈下40～80厘米處，開燈照射10～20分鐘，可殺滅蛋表面細菌。
⑺百毒殺噴霧消毒法。每10升水中加入50%的百毒殺3毫升，噴霧或浸漬種蛋進行消毒。
2.消毒程序
在鴨舍內或種蛋進貯存室前，在消毒柜或消毒室中進行第一次消毒；入孵到孵化器中進行第二次消毒；落盤到出雛器中進行第三次消毒；雛鴨大部分出殼，但毛還未干時，用7毫升福爾馬林加3.5克高錳酸鉀熏蒸雛鴨10分鐘，但此時熏蒸對雛鴨氣管上皮有一定的損傷，應慎重考慮。
從理論上講，最好在鴨蛋產出后立即消毒，這樣可以消滅蛋殼上的絕大部分細菌，防止其侵入蛋內，但在實踐中無法做到。比較切實可行的辦法是每次撿蛋完畢，立刻在鴨舍里的消毒室或者送到孵化場消毒。種蛋入孵后，應在孵化器里進行第二次消毒。
1.消毒方法
⑴甲醛熏蒸消毒法。每立方米空間用42毫升福爾馬林加21克高錳酸鉀密閉熏蒸20分鐘，可殺死蛋殼上95%以上的病原體。在孵化器中進行消毒時，每立方米用福爾馬林28毫升加高錳酸鉀14克，但應避開發育到24～96小時的胚齡。
⑵過氧乙酸熏蒸消毒法。每立方米用16%過氧乙酸40～60毫升加高錳酸鉀4～6克，熏蒸15分鐘。
⑶消毒王熏蒸消毒。用消毒王Ⅱ號按所購產品說明書的規定劑量熏蒸消毒。
⑷新潔爾滅浸泡消毒法。用含5%的新潔爾滅原液加水50倍，即配成1：1000的水溶液，浸泡3分鐘，水溫保持在43～50℃。
⑸碘液浸泡消毒法。將種蛋浸入1：1000的碘溶液中0.5～1分鐘。浸泡10次后，溶液濃度下降，可延長消毒時間至1.5分鐘或更換碘液。溶液溫度保持在43～50℃。
⑹紫外線消毒法。將種蛋放在紫外線燈下40～80厘米處，開燈照射10～20分鐘，可殺滅蛋表面細菌。
⑺百毒殺噴霧消毒法。每10升水中加入50%的百毒殺3毫升，噴霧或浸漬種蛋進行消毒。
2.消毒程序
在鴨舍內或種蛋進貯存室前，在消毒柜或消毒室中進行第一次消毒；入孵到孵化器中進行第二次消毒；落盤到出雛器中進行第三次消毒；雛鴨大部分出殼，但毛還未干時，用7毫升福爾馬林加3.5克高錳酸鉀熏蒸雛鴨10分鐘，但此時熏蒸對雛鴨氣管上皮有一定的損傷，應慎重考慮。
