為害最嚴重的是雜菌污染，常見的雜菌有木霉、綠霉、黃霉、根霉等。防治方法主要有：選用無霉變的材料，培養料要進行堆制發酵并進行滅菌處理，栽培場地要嚴格消毒，發現有污染的要及時清理出去。適當通風防止溫度過高、濕度過大。
平菇栽培還經常出現生理性病害：①小菇部分死亡：小菇太多時，會有部分死亡，主要是營養不足“饑餓”死亡；過早噴水或濕度過高、濕度太大亦會引起小菇死亡。②大腳菇：常常是因為通氣不良，二氧化碳濃度過高造成。③幼菇枯萎：主要是培養料過干或空氣濕度偏低。
平菇栽培的主要蟲害是菇蠅等，一般按防治雜菌的方法能較好地防治菇蠅等害蟲。同時，在搬動過程中盡量防止塑料袋破損。
平菇栽培還經常出現生理性病害：①小菇部分死亡：小菇太多時，會有部分死亡，主要是營養不足“饑餓”死亡；過早噴水或濕度過高、濕度太大亦會引起小菇死亡。②大腳菇：常常是因為通氣不良，二氧化碳濃度過高造成。③幼菇枯萎：主要是培養料過干或空氣濕度偏低。
平菇栽培的主要蟲害是菇蠅等，一般按防治雜菌的方法能較好地防治菇蠅等害蟲。同時，在搬動過程中盡量防止塑料袋破損。
