由于不良的環境條件，常會導致金針菇的子實體失去常態，產生畸形，常見的有以下4種。
1 針尖菇
主要癥狀：菇體頂部尖細（菌蓋仍停滯在原基發育時的幼小狀態，直徑為1～2mm），菌柄中、下部稍粗，類似針尖狀，因此常稱為“針尖菇”。
發生原因：在子實體發育前期，生長環境中二氧化硫濃度偏高，抑制菌蓋的生長，形成針尖菇。
防治措施：出菇場要建立良好的通風措施。瓶栽金針菇待原基形成后進行3～5天的幼菇形成培養，然后套袋，套袋后每天要上、下提動1次進行換氣。袋栽金針菇在于實體生長前期要加強掀膜通風，使袋內保持充足的新鮮空氣，以促進菌蓋的分化及菌柄的增粗。
2 側生菇
主要癥狀：菇蕾不是從培養基表層出現，而是出現在側面，即包壁。
發生原因：在制作時栽培袋填料過于疏松，尤其是選用了分解速度較快的軟質培養料，易引起局部培養基收縮，脫離包壁，在低溫、光的刺激下，收縮處首先出現原基，由于受包壁的限制而產生畸形。
防治措施：培養料裝袋時適當填緊些。
3 疲軟菇
主要癥狀：菇體疲軟，無彈性，菌柄東倒西歪，不能直立。疲軟發生部位常在菌柄中、下部，呈深褐色，菇體會慢慢萎縮死亡。
發生原因：①出菇時溫度偏高；②生長環境中二氧化硫濃度太大；③菇體染病。這些都會破壞菇體正常代謝活動，導致細胞喪失生理功能而逐漸壞死。
防治措施：出菇期盡量安排在低溫季節，抓好幼菇培養管理，注意溫、濕度及氧氣調節，做好遮陽、降溫工作。
4 易開傘菇
主要癥狀：菇體還沒成熟，菌蓋就早早地開傘。
發生原因：①菌株品種不夠優良；②栽培袋內出現細菌性污染，損耗營養，致使袋內營養不足；③栽培袋內小區域二氧化硫濃度偏低；④菇舍內空氣濕度偏高，通風不良。
防治措施：選擇優良菌株，嚴把滅菌關，菇房要定期消毒。調節好袋內二氧化硫含量，注意通風換氣。
1 針尖菇
主要癥狀：菇體頂部尖細（菌蓋仍停滯在原基發育時的幼小狀態，直徑為1～2mm），菌柄中、下部稍粗，類似針尖狀，因此常稱為“針尖菇”。
發生原因：在子實體發育前期，生長環境中二氧化硫濃度偏高，抑制菌蓋的生長，形成針尖菇。
防治措施：出菇場要建立良好的通風措施。瓶栽金針菇待原基形成后進行3～5天的幼菇形成培養，然后套袋，套袋后每天要上、下提動1次進行換氣。袋栽金針菇在于實體生長前期要加強掀膜通風，使袋內保持充足的新鮮空氣，以促進菌蓋的分化及菌柄的增粗。
2 側生菇
主要癥狀：菇蕾不是從培養基表層出現，而是出現在側面，即包壁。
發生原因：在制作時栽培袋填料過于疏松，尤其是選用了分解速度較快的軟質培養料，易引起局部培養基收縮，脫離包壁，在低溫、光的刺激下，收縮處首先出現原基，由于受包壁的限制而產生畸形。
防治措施：培養料裝袋時適當填緊些。
3 疲軟菇
主要癥狀：菇體疲軟，無彈性，菌柄東倒西歪，不能直立。疲軟發生部位常在菌柄中、下部，呈深褐色，菇體會慢慢萎縮死亡。
發生原因：①出菇時溫度偏高；②生長環境中二氧化硫濃度太大；③菇體染病。這些都會破壞菇體正常代謝活動，導致細胞喪失生理功能而逐漸壞死。
防治措施：出菇期盡量安排在低溫季節，抓好幼菇培養管理，注意溫、濕度及氧氣調節，做好遮陽、降溫工作。
4 易開傘菇
主要癥狀：菇體還沒成熟，菌蓋就早早地開傘。
發生原因：①菌株品種不夠優良；②栽培袋內出現細菌性污染，損耗營養，致使袋內營養不足；③栽培袋內小區域二氧化硫濃度偏低；④菇舍內空氣濕度偏高，通風不良。
防治措施：選擇優良菌株，嚴把滅菌關，菇房要定期消毒。調節好袋內二氧化硫含量，注意通風換氣。
