一、細菌性病害
1.斑點病 病菌在自然界分布很廣，通過害蟲及操作人員傳播，在高溫高濕下易發病，夏秋季發生較重。發病初期，菌蓋出現黃褐色變色區，隨即變成暗褐色凹陷斑點。防治方法：控制好空氣的相對濕度，尤其在蘑菇生長后期，菇房濕度不要超過85%，避免菇蓋表面積水和土面過濕，減少濕度波動。發病后用600倍液漂白粉噴灑。
2.干腐病 又叫干僵病。發病區蘑菇畸形，蒼褐色，菌蓋歪斜，菌柄基部膨大并逐漸萎縮干枯，失去食用價值。防治方法：主要是隔離，防止病區和無病區之間菌絲體連接。箱栽時，如果菇箱之間菌絲不相接，干腐病就不會傳播；在菇床上，每隔一段用塑料薄膜隔開，也可阻止蔓延。
二、真菌性病害
1.褐腐病 又稱白腐病、水泡病。病菌孢子通過覆土帶入菇房，由空氣和害蟲傳播。此病一般為菇房空氣不流通或遇高溫高濕時發病。特點為：在菇床上形成大量白色菌絲體，感病后，子實體菌柄腫大成泡狀，嚴重時形成畸形菇，變為褐色，或形成菌蓋菌柄不分的白色絮狀菌球。防治方法：對覆土消毒。將覆土置于空室內，每平方米5毫升甲醛加3克高錳酸鉀混合熏蒸24小時后，才能使用。菇床上若發現病菇，應立即停止噴水，通風降溫至15℃以下，濕度不超過85%，在病區噴1～2%甲醛液。發病嚴重的菇床應更換覆土，燒毀病菇，將所有菇床用4%甲醛液消毒。
2.軟腐病 病菌孢子多數通過氣流和濺起的水滴傳播，覆土過潮及低溫高濕，易發生此病。若不及時處理，病菌便迅速蔓延，并變成水紅色。子實體被感染后，逐漸變成褐色，直至腐爛。防治方法：減少床面噴水，加強菇房通風，降低土面和空氣濕度。發病部位撒石灰或噴4%甲醛液，也可噴灑多菌靈或托布津或潰瘍靈500倍液等。
3.褐斑病 又叫干炮病、輪枝霉病。病菌孢子常粘結成堆，主要通過濺起的水滴和菇蠅、螨類、人手、工具等傳播。多發生在栽培后期，發病后，先在菌蓋上產生許多不規則針頭狀的褐色斑點，以后斑點逐漸擴大，并產生凹陷，凹陷部分呈灰白色。病菇常干裂，菌蓋歪斜畸形，菇柄出現剝皮現象。防治方法：嚴防菇蠅進入菇體；一切工具用4%甲醛液消毒；已發病的地方用500倍液多菌靈等噴灑。
三、生理性病害
1.硬開傘 蘑菇遇異常氣候，幼嫩子實體提早開傘的現象叫硬開傘。一般在18℃以上，溫差10℃左右，或在突然降溫情況下發生。防治方法：在氣溫突變前做好保溫工作，并增加菇房內空氣的相對濕度。
2.畸形菇 形成的原因是覆土粗細不一，出菇部位低；菇房二氧化碳含量超過0.3%以及藥害和病害、蟲害形成。防治方法：注意覆土質量和通風，避免有害氣體進入菇房；注意防治病蟲害。
3.薄皮菇 整個出菇階段都可發生。主要是菇房內溫度忽高忽低，或床面通風過度引起。防治方法：高溫時加強通風換氣；低溫或起大風時，菇房要保溫保濕。
4.地雷菇 子實體著生在料內或覆土下部，菇形不圓整，這種菇質量差，出菇稀。產生原因是培養料過濕，料內混有泥土，菇房通風過多、溫度過低、覆土過遲等，造成結菇過早，結菇部位過低。防治方法：培養料不能過濕或混進泥塊；菇房適當通風；粗土調水后，減少通風，保持85%左右的空氣相對濕度，促使菌絲向粗土面生長。
5.紅根銹斑 發生于出菇后期，這時氣溫低，蒸發水分少，菌絲活力差，吸水能力較弱，出菇慢。如果水分過多或氣候突然變化，料內酸度高，就會發生此病。防治方法：噴水要適當，料內酸度較高時要及時用石灰水調節pH值。
6.菌絲徒長 形成原因是通風不良，覆土表面濕度過大。預防方法：覆土后加強通風，降低溫度和濕度以及二氧化碳濃度，抑制菌絲生長，促使子實體形成。對上面已結塊的菌絲，及時用刀子劃破，并噴水、通風。
四、病毒性病害
通過罹病的孢子和菌絲傳播。菌絲感染病毒后，不能形成子實體；菌蕾感染病毒后，子實體發育畸形，或菌柄奇長，開傘極早，或菌柄彎曲菌蓋特小，或菌柄下部尖削，或菌柄中央膨大成桶狀、壇狀，最后導致菇體萎縮干癟成海綿狀。嚴重感染病毒的菇床上，常出現大塊無菇區。防治方法：發現病毒病后，蘑菇一定要在開傘前采完，防止病菇散發出來的孢子傳播；用低劑量溴甲烷熏蒸全部培養床架；將所有用具煮沸消毒。如果發病和蔓延嚴重，根據病毒的寄生侵染性高度專一的特點，改變栽培種類即可杜絕此病。
1.斑點病 病菌在自然界分布很廣，通過害蟲及操作人員傳播，在高溫高濕下易發病，夏秋季發生較重。發病初期，菌蓋出現黃褐色變色區，隨即變成暗褐色凹陷斑點。防治方法：控制好空氣的相對濕度，尤其在蘑菇生長后期，菇房濕度不要超過85%，避免菇蓋表面積水和土面過濕，減少濕度波動。發病后用600倍液漂白粉噴灑。
2.干腐病 又叫干僵病。發病區蘑菇畸形，蒼褐色，菌蓋歪斜，菌柄基部膨大并逐漸萎縮干枯，失去食用價值。防治方法：主要是隔離，防止病區和無病區之間菌絲體連接。箱栽時，如果菇箱之間菌絲不相接，干腐病就不會傳播；在菇床上，每隔一段用塑料薄膜隔開，也可阻止蔓延。
二、真菌性病害
1.褐腐病 又稱白腐病、水泡病。病菌孢子通過覆土帶入菇房，由空氣和害蟲傳播。此病一般為菇房空氣不流通或遇高溫高濕時發病。特點為：在菇床上形成大量白色菌絲體，感病后，子實體菌柄腫大成泡狀，嚴重時形成畸形菇，變為褐色，或形成菌蓋菌柄不分的白色絮狀菌球。防治方法：對覆土消毒。將覆土置于空室內，每平方米5毫升甲醛加3克高錳酸鉀混合熏蒸24小時后，才能使用。菇床上若發現病菇，應立即停止噴水，通風降溫至15℃以下，濕度不超過85%，在病區噴1～2%甲醛液。發病嚴重的菇床應更換覆土，燒毀病菇，將所有菇床用4%甲醛液消毒。
2.軟腐病 病菌孢子多數通過氣流和濺起的水滴傳播，覆土過潮及低溫高濕，易發生此病。若不及時處理，病菌便迅速蔓延，并變成水紅色。子實體被感染后，逐漸變成褐色，直至腐爛。防治方法：減少床面噴水，加強菇房通風，降低土面和空氣濕度。發病部位撒石灰或噴4%甲醛液，也可噴灑多菌靈或托布津或潰瘍靈500倍液等。
3.褐斑病 又叫干炮病、輪枝霉病。病菌孢子常粘結成堆，主要通過濺起的水滴和菇蠅、螨類、人手、工具等傳播。多發生在栽培后期，發病后，先在菌蓋上產生許多不規則針頭狀的褐色斑點，以后斑點逐漸擴大，并產生凹陷，凹陷部分呈灰白色。病菇常干裂，菌蓋歪斜畸形，菇柄出現剝皮現象。防治方法：嚴防菇蠅進入菇體；一切工具用4%甲醛液消毒；已發病的地方用500倍液多菌靈等噴灑。
三、生理性病害
1.硬開傘 蘑菇遇異常氣候，幼嫩子實體提早開傘的現象叫硬開傘。一般在18℃以上，溫差10℃左右，或在突然降溫情況下發生。防治方法：在氣溫突變前做好保溫工作，并增加菇房內空氣的相對濕度。
2.畸形菇 形成的原因是覆土粗細不一，出菇部位低；菇房二氧化碳含量超過0.3%以及藥害和病害、蟲害形成。防治方法：注意覆土質量和通風，避免有害氣體進入菇房；注意防治病蟲害。
3.薄皮菇 整個出菇階段都可發生。主要是菇房內溫度忽高忽低，或床面通風過度引起。防治方法：高溫時加強通風換氣；低溫或起大風時，菇房要保溫保濕。
4.地雷菇 子實體著生在料內或覆土下部，菇形不圓整，這種菇質量差，出菇稀。產生原因是培養料過濕，料內混有泥土，菇房通風過多、溫度過低、覆土過遲等，造成結菇過早，結菇部位過低。防治方法：培養料不能過濕或混進泥塊；菇房適當通風；粗土調水后，減少通風，保持85%左右的空氣相對濕度，促使菌絲向粗土面生長。
5.紅根銹斑 發生于出菇后期，這時氣溫低，蒸發水分少，菌絲活力差，吸水能力較弱，出菇慢。如果水分過多或氣候突然變化，料內酸度高，就會發生此病。防治方法：噴水要適當，料內酸度較高時要及時用石灰水調節pH值。
6.菌絲徒長 形成原因是通風不良，覆土表面濕度過大。預防方法：覆土后加強通風，降低溫度和濕度以及二氧化碳濃度，抑制菌絲生長，促使子實體形成。對上面已結塊的菌絲，及時用刀子劃破，并噴水、通風。
四、病毒性病害
通過罹病的孢子和菌絲傳播。菌絲感染病毒后，不能形成子實體；菌蕾感染病毒后，子實體發育畸形，或菌柄奇長，開傘極早，或菌柄彎曲菌蓋特小，或菌柄下部尖削，或菌柄中央膨大成桶狀、壇狀，最后導致菇體萎縮干癟成海綿狀。嚴重感染病毒的菇床上，常出現大塊無菇區。防治方法：發現病毒病后，蘑菇一定要在開傘前采完，防止病菇散發出來的孢子傳播；用低劑量溴甲烷熏蒸全部培養床架；將所有用具煮沸消毒。如果發病和蔓延嚴重，根據病毒的寄生侵染性高度專一的特點，改變栽培種類即可杜絕此病。
