菌肥是從自然界中采集到的固氮活性菌種，經科學配方、組合加工研制而成的一種無公害新型復合生物肥。在施用過程中，必須注意以下五要點：
一是施用菌肥要注意田間實際狀況。對含硫高的土壤和銹水田，不宜施用生物菌肥，因為硫能殺死生物菌。對于翻漿的水田，一般不用撒肥，可采用噴霧的方法，效果更明顯。
二是注意棚溫、地溫和水溫。施用菌肥的最佳溫度是25～37℃，低于5℃，高于45℃，施用效果較差。對高溫、低溫、干旱條件下的農作物田塊不宜施用。同時還應掌握固氮菌最適溫度，土壤含水量是60～70%左右。
三是不能和其他農藥混用，防止活菌致死。注意千萬不要與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑和含硫化肥，如硫酸鉀等以及稻草灰混合用，因為這些藥、肥很容易殺死生物菌。在施用時，若施菌肥與防病蟲、除草相矛盾時，可先施菌肥，隔48小時后，再打藥除草。若拌種，切忌和已拌好殺菌劑的種子混合使用。同時還應防止與未腐熟的農家肥混用，因為農家肥在腐熟的過程中會發酵，這樣會直接殺死生物菌。
四是因量制宜。對于多年來用化肥的田塊施用了生物菌肥不能大量減施化肥和有機肥，因農作物對化肥產生了依賴性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子適應，因此，其取代量應做到第一、二、三年分別取代30%、40%和60%。磷、鉀肥只能補足，不能減少。
五是因時制宜。生物菌肥不是速效肥，所以，要在作物的營養臨界期和大量吸收期前7～10天施用效果最佳。同時對不同作物或同一作物的不同時期，要選用不同的施用方法，作物葉背茸毛的多少、葉片蠟質的厚薄都會影響其使用效果
一是施用菌肥要注意田間實際狀況。對含硫高的土壤和銹水田，不宜施用生物菌肥，因為硫能殺死生物菌。對于翻漿的水田，一般不用撒肥，可采用噴霧的方法，效果更明顯。
二是注意棚溫、地溫和水溫。施用菌肥的最佳溫度是25～37℃，低于5℃，高于45℃，施用效果較差。對高溫、低溫、干旱條件下的農作物田塊不宜施用。同時還應掌握固氮菌最適溫度，土壤含水量是60～70%左右。
三是不能和其他農藥混用，防止活菌致死。注意千萬不要與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑和含硫化肥，如硫酸鉀等以及稻草灰混合用，因為這些藥、肥很容易殺死生物菌。在施用時，若施菌肥與防病蟲、除草相矛盾時，可先施菌肥，隔48小時后，再打藥除草。若拌種，切忌和已拌好殺菌劑的種子混合使用。同時還應防止與未腐熟的農家肥混用，因為農家肥在腐熟的過程中會發酵，這樣會直接殺死生物菌。
四是因量制宜。對于多年來用化肥的田塊施用了生物菌肥不能大量減施化肥和有機肥，因農作物對化肥產生了依賴性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子適應，因此，其取代量應做到第一、二、三年分別取代30%、40%和60%。磷、鉀肥只能補足，不能減少。
五是因時制宜。生物菌肥不是速效肥，所以，要在作物的營養臨界期和大量吸收期前7～10天施用效果最佳。同時對不同作物或同一作物的不同時期，要選用不同的施用方法，作物葉背茸毛的多少、葉片蠟質的厚薄都會影響其使用效果
