其作用主要有：①在糞料發酵中，消除糞料臭味，促進糞料發酵。②在其飼料中添加EM，便于防止蚯蚓疾病。③提高產量。使用EM處理的糞料，1噸糞第一次利用，可產蠅蛆100-300公斤；第二次利用可產蚯蚓20-60公斤，還可將蚯蚓糞作為培育鱔苗培肥水質的底泥，還可將蚯蚓糞部份加入黃鱔飼料而用于飼養黃鱔。一些養殖戶養殖蠅蛆未經EM發酵甚至根本就沒有發酵，長出的蠅蛆帶有大量的病菌，有的使用未經任何處理的動物尸體直接生蛆甚至直接從糞坑中撈蛆養鱔。雖然在投喂前也曾使用藥物消毒，但僅僅能殺滅一些表皮上的病菌，而位于蠅蛆體內的細菌是無法殺滅的。韓國、新加坡等養鱔技術發達的國家，是禁止向黃鱔投喂新鮮的蠅蛆、蚯蚓及動物內臟的，一方面容易污染水質，更容易將病蟲帶入。而全程使用EM生產的蠅蛆及蚯蚓則相對來說要安全得多。
