（1）百合葉枯病 又稱百合灰霉病，是一種普遍發生的病害。主要危害葉片，也可侵染莖、芽和花。葉上病斑圓形、橢圓形，大小不一，淺黃色至淺紅褐色，呈水漬狀。溫暖潮濕情況下，病斑變薄且脆，淺灰色，呈半透明狀，嚴重時可引起全葉枯死；莖部受害變褐或出現縊縮，致使植株折倒；幼株受侵染時莖葉生長點變軟，腐敗死亡；花蕾受害初期出現褐色小斑點，隨后擴展引起花蕾腐爛。潮濕情況下，病部產生大量灰色霉層。 病菌主要以菌核遺落在土壤中，以菌絲體在病殘體上越冬。翌年春季，越冬后的菌絲體在病部或在菌核上長出灰色霉層，分生孢子通過氣流傳播引起初次侵染。田間植株病部上的分生孢子由風雨傳播，迅速擴展蔓延。此菌生長適溫為22～25℃，一般6月上旬雨水多，霧露重，田間RH90%時病害蔓延較快。
（2）百合病毒病 病株表現花葉、淺綠、深綠相間的斑駁。病重植株明顯矮化，鱗片較短，有的出現褐色和壞死斑。 據調查，病毒病的發生與種子的來源有很大的關系，一部分本地留種沒有脫毒，另一部分從荷蘭引進的，種球價錢很高，但仍然病毒很嚴重，種植的百合病毒病一般在30%以上。
（3）鱗莖基腐病 主要危害百合植株莖基部，影響植株生長，導致全株死亡。此病在很多地區發病較普遍，發病率一般為10%～15%，高則達10%～30%。通常在植株開花時開始發病，植株基部變暗褐色腐爛，葉片下垂變黃，最終導致死亡。 病菌在土壤中隨病殘體越冬，成為病害的初侵染源。土壤淹水、粘重、施用了未充分腐熟的肥料，以及線蟲和地下害蟲的危害等原因易引起發病。此菌要求較高的溫濕度，所以，常在植株生長中后期、氣溫升高、連續陰雨后轉晴時病害突然發生。
（4）百合葉尖干枯病 此病發生較普遍，主要危害葉尖，受害葉尖變黑褐色壞死或干枯并不斷向葉片基部擴展蔓延。葉片中間受害，形成紡錘形或橢圓形病斑，邊緣褐色或紅褐色，中央灰白色，病部上散生許多小黑點。 病菌在病殘體或田間病株上越冬，第2年借風雨傳播，從傷口侵入或表皮侵入，造成田間發病。此病在6月份開始發病。肥水管理不好、植株生長衰弱的易發病。
（5）百合疫病 又稱百合腳腐病。在雨水多的年份發病較重，導致莖葉腐爛，植株倒伏，影響鱗莖產量。主要危害莖和葉片，葉片上產生水漬狀灰綠色至褐色大斑，無明顯邊緣。發病嚴重時，花、鱗莖呈現出水漬狀褐色斑，腐爛，天氣潮濕時病部長出稀疏的白色霉層。莖部和莖基發病，初為水漬狀、褐色皺紋條紋斑，逐漸向上、下擴展，導致莖部腐爛，植株枯萎折倒，有時嫩葉莖頂端發生枯萎。 病菌隨病殘體組織遺留在土壤中越冬，第2年春節條件適宜時，侵染寄主引起發病。降雨多，空氣，土壤濕度大時，病部發生大量孢子囊，通過雨水飛濺引起再侵染。
（2）百合病毒病 病株表現花葉、淺綠、深綠相間的斑駁。病重植株明顯矮化，鱗片較短，有的出現褐色和壞死斑。 據調查，病毒病的發生與種子的來源有很大的關系，一部分本地留種沒有脫毒，另一部分從荷蘭引進的，種球價錢很高，但仍然病毒很嚴重，種植的百合病毒病一般在30%以上。
（3）鱗莖基腐病 主要危害百合植株莖基部，影響植株生長，導致全株死亡。此病在很多地區發病較普遍，發病率一般為10%～15%，高則達10%～30%。通常在植株開花時開始發病，植株基部變暗褐色腐爛，葉片下垂變黃，最終導致死亡。 病菌在土壤中隨病殘體越冬，成為病害的初侵染源。土壤淹水、粘重、施用了未充分腐熟的肥料，以及線蟲和地下害蟲的危害等原因易引起發病。此菌要求較高的溫濕度，所以，常在植株生長中后期、氣溫升高、連續陰雨后轉晴時病害突然發生。
（4）百合葉尖干枯病 此病發生較普遍，主要危害葉尖，受害葉尖變黑褐色壞死或干枯并不斷向葉片基部擴展蔓延。葉片中間受害，形成紡錘形或橢圓形病斑，邊緣褐色或紅褐色，中央灰白色，病部上散生許多小黑點。 病菌在病殘體或田間病株上越冬，第2年借風雨傳播，從傷口侵入或表皮侵入，造成田間發病。此病在6月份開始發病。肥水管理不好、植株生長衰弱的易發病。
（5）百合疫病 又稱百合腳腐病。在雨水多的年份發病較重，導致莖葉腐爛，植株倒伏，影響鱗莖產量。主要危害莖和葉片，葉片上產生水漬狀灰綠色至褐色大斑，無明顯邊緣。發病嚴重時，花、鱗莖呈現出水漬狀褐色斑，腐爛，天氣潮濕時病部長出稀疏的白色霉層。莖部和莖基發病，初為水漬狀、褐色皺紋條紋斑，逐漸向上、下擴展，導致莖部腐爛，植株枯萎折倒，有時嫩葉莖頂端發生枯萎。 病菌隨病殘體組織遺留在土壤中越冬，第2年春節條件適宜時，侵染寄主引起發病。降雨多，空氣，土壤濕度大時，病部發生大量孢子囊，通過雨水飛濺引起再侵染。
