菇房在使用前都要進行嚴格的消毒處理，消毒的方法很多，可根據具體條件選用。
硫磺熏蒸：一般是先將菇房密封好。然后點燃硫磺熏蒸，l立方米約使用15克硫磺，此法最簡單。
甲醛、高錳酸鉀熏蒸：同樣將菇房密封好，l立方米使用甲醛10毫升加高錳酸鉀4克。甲醛殺菌力強，殺蟲效果較差，但刺激性很強，消毒處理時，操作人員要注意防護。
漂白粉噴霧：漂白粉1公斤加水30公斤噴霧。此法較為簡單，不需要密封菇房，同時殺菌力和滲透性較強，消毒效果較好。但溶液要隨配隨用，否剛會降低殺菌效果。漂白粉有腐蝕作用，操作時要注意防護。
波爾多液噴霧：使用濃度為1％，即硫酸銅1％，加石灰3％，用水配制而成，每111平方米用量25公斤。老菇房往往由于連續使用，病蟲、雜菌多，每次使用前，要特別注意嚴格消毒，否則會污染雜菌或使害蟲孳生，而給生產帶來損失。
硫磺熏蒸：一般是先將菇房密封好。然后點燃硫磺熏蒸，l立方米約使用15克硫磺，此法最簡單。
甲醛、高錳酸鉀熏蒸：同樣將菇房密封好，l立方米使用甲醛10毫升加高錳酸鉀4克。甲醛殺菌力強，殺蟲效果較差，但刺激性很強，消毒處理時，操作人員要注意防護。
漂白粉噴霧：漂白粉1公斤加水30公斤噴霧。此法較為簡單，不需要密封菇房，同時殺菌力和滲透性較強，消毒效果較好。但溶液要隨配隨用，否剛會降低殺菌效果。漂白粉有腐蝕作用，操作時要注意防護。
波爾多液噴霧：使用濃度為1％，即硫酸銅1％，加石灰3％，用水配制而成，每111平方米用量25公斤。老菇房往往由于連續使用，病蟲、雜菌多，每次使用前，要特別注意嚴格消毒，否則會污染雜菌或使害蟲孳生，而給生產帶來損失。
