棉子殼由棉籽取仁后留下的殼和附在殼上的短棉絨以及少量碎棉仁組成。棉子殼含豐富的氮、磷、鉀、纖維素和木質素，碳氮比為79-85:1，偏堿性，外松內實，透氣性好，蓄水性強，是食用菌栽培的上等原料。但棉子殼中含有毒物質，經高壓或常壓滅菌后，會釋放出醛、酮、酸類毒物，這些有毒物會抑制菌絲生長，推遲現蕾，造成菇形小、菇質差等不良后果。特別是棉子殼內的棉仁含量過高時，發菌會受嚴重影響，因為棉仁中含有棉酚，含量超過3%時會抑制菌絲生長，達到5%時可使菌絲停止生長。用棉子殼栽培食用菌，棉仁的含量不能過高，棉絨不宜過長，碎棉仁過多時應過篩后使用，而且棉子殼要新鮮，色澤以灰白色或雪白色為好，棉子殼要在烈日下曬1-2天，噴灑敵敵畏，堆悶1-2天后再使用。如果用棉子殼生料栽培平菇，需事先發酵，使料堆溫度達65℃以上，發酵4-5天，這樣可以殺死料內的病菌、蟲卵，分解釋放游離棉酚。
