在綠色食品生產中，肥料使用必須滿足作物對營養元素的需要，使足夠數量的有機物質返回土壤，以保持或增加土壤肥力及土壤生物活性。所有有機或無機（礦質）肥料，尤其是富含氮的肥料應對環境和作物（營養、味道、品質和植物抗性）不產生不良后果方可使用。
生產aa級綠色食品的肥料遵循如下原則：
1、禁止使用任何化學合成肥料。
2、禁止使用城市垃圾和污泥、醫院的糞便垃圾和含有害物質（如毒氣、病原微生物、重金屬等）的垃圾。
3、生產者因地制宜采用秸桿還田、過腹還田、直接翻壓還田覆蓋還田等形式。
4、利用覆蓋、翻壓、堆漚等方式合理利用綠肥。綠肥應在盛花期翻壓，翻埋深度為15cm左右，蓋土要嚴，翻后耙勻。壓青后15-20天材能進行播種或移苗。
5、腐熟的沼氣液、殘渣及人畜糞尿可用作追肥，嚴禁施用未腐熟的人糞尿。
6、餅肥優先用于水果、蔬菜等，禁止施用未經腐熟的餅肥。
7、葉面肥料質量應符合gb/t17419，或gb/t17420，或附錄b中b3的技術要求，按說明稀釋，在作物生長期內噴施2-3次。
8、微生物肥料可用于拌種，也可用作基肥和追肥使用。使用時應嚴格桉照使用說明書的要求操作。微生物肥料中有效活菌的數量應符合ny227中4.1及4.2技術指標。
9、選用無機（礦質）肥料中的煅燒磷酸鹽、硫酸鉀，質量應分別符合農業標準ny/t394-2000附錄b中b1和b2的技術要求。
生產a級綠色食品的肥料遵循如下原則：
1、禁止使用硝態氮肥。
2、化肥必須與有機肥配合施用，無機氮下有機氮之比不超過1：1，例如，施優質廄肥1000kg加尿素10kg（廄肥作基肥、尿素可作基肥和追肥用）。對葉菜類最后一次追肥必須在收獲前30天進行。
3、化肥也可與有機肥、復合微生物工程肥配合施用。廄肥1000kg，加尿素5-10kg或磷酸二銨20kg，復合微生物肥料60kg（廄肥作基肥，尿素，磷酸二銨和微生物肥料作基肥和追肥用）。最后一次追肥必須在收獲前30天進行。
4、城市生活垃圾一定要經過無害化處理，質量達到gb8172中1.1技術要求才能使用。每年每畝農田限制用量，粘性土壤不超過3000kg，砂性土壤不超過2000kg。
5、若秸稈還田，可施用少量氮素化肥調節碳氮比。
6、生產者還應遵循生產aa級綠色食品的肥料遵循如下原則中的4至9條。
此外，生產綠色食品的農家肥料無論采用何種原料（包括人畜禽糞尿、秸稈、雜草、泥炭等）制作堆肥，必須高溫發酵，以殺滅各種寄生蟲卵和病原菌、雜草種子，使之達到無害化衛生標準。農家肥料，原則上就地生產就地使用。外來農家肥料應確認符合要求后才能使用。商品肥料及新型肥料必須通過國家有關部門的登記認證及生產許可證，質量指標應達到國家有關標準的要求。因施肥造成土壤污染、不源污染，或影響農作物生長、農產品達不到衛生標準時，要停止施用該肥料，并向專門管理機構報告。用其生的食品也不能繼續使用綠色食品標志。
生產aa級綠色食品的肥料遵循如下原則：
1、禁止使用任何化學合成肥料。
2、禁止使用城市垃圾和污泥、醫院的糞便垃圾和含有害物質（如毒氣、病原微生物、重金屬等）的垃圾。
3、生產者因地制宜采用秸桿還田、過腹還田、直接翻壓還田覆蓋還田等形式。
4、利用覆蓋、翻壓、堆漚等方式合理利用綠肥。綠肥應在盛花期翻壓，翻埋深度為15cm左右，蓋土要嚴，翻后耙勻。壓青后15-20天材能進行播種或移苗。
5、腐熟的沼氣液、殘渣及人畜糞尿可用作追肥，嚴禁施用未腐熟的人糞尿。
6、餅肥優先用于水果、蔬菜等，禁止施用未經腐熟的餅肥。
7、葉面肥料質量應符合gb/t17419，或gb/t17420，或附錄b中b3的技術要求，按說明稀釋，在作物生長期內噴施2-3次。
8、微生物肥料可用于拌種，也可用作基肥和追肥使用。使用時應嚴格桉照使用說明書的要求操作。微生物肥料中有效活菌的數量應符合ny227中4.1及4.2技術指標。
9、選用無機（礦質）肥料中的煅燒磷酸鹽、硫酸鉀，質量應分別符合農業標準ny/t394-2000附錄b中b1和b2的技術要求。
生產a級綠色食品的肥料遵循如下原則：
1、禁止使用硝態氮肥。
2、化肥必須與有機肥配合施用，無機氮下有機氮之比不超過1：1，例如，施優質廄肥1000kg加尿素10kg（廄肥作基肥、尿素可作基肥和追肥用）。對葉菜類最后一次追肥必須在收獲前30天進行。
3、化肥也可與有機肥、復合微生物工程肥配合施用。廄肥1000kg，加尿素5-10kg或磷酸二銨20kg，復合微生物肥料60kg（廄肥作基肥，尿素，磷酸二銨和微生物肥料作基肥和追肥用）。最后一次追肥必須在收獲前30天進行。
4、城市生活垃圾一定要經過無害化處理，質量達到gb8172中1.1技術要求才能使用。每年每畝農田限制用量，粘性土壤不超過3000kg，砂性土壤不超過2000kg。
5、若秸稈還田，可施用少量氮素化肥調節碳氮比。
6、生產者還應遵循生產aa級綠色食品的肥料遵循如下原則中的4至9條。
此外，生產綠色食品的農家肥料無論采用何種原料（包括人畜禽糞尿、秸稈、雜草、泥炭等）制作堆肥，必須高溫發酵，以殺滅各種寄生蟲卵和病原菌、雜草種子，使之達到無害化衛生標準。農家肥料，原則上就地生產就地使用。外來農家肥料應確認符合要求后才能使用。商品肥料及新型肥料必須通過國家有關部門的登記認證及生產許可證，質量指標應達到國家有關標準的要求。因施肥造成土壤污染、不源污染，或影響農作物生長、農產品達不到衛生標準時，要停止施用該肥料，并向專門管理機構報告。用其生的食品也不能繼續使用綠色食品標志。
