不同生產廠家的魚粉質量有所不同，有些甚至差別很大，究其原因主要是所用原料和加工方式的不同而造成的。魚粉質量的差異，主要體現在蛋白質、限制性氨基酸、維生素、鈣、磷等礦物質元素的含量不同，以及脂肪、氯化鈉和其他雜質的多少。優質魚粉魚蛋白（其他蛋白除外）含量高、品質好，賴氨酸、蛋氨酸等限制性氨基酸含量高，維生素含量豐富，鈣磷比例協調、吸收利用率高，且富含未知促生長因子，而脂肪殘留少、雜質少。
不同的原料和加工方式對魚粉質量指標的具體影響綜述如下：
1 魚粉原料
1.1 加工魚粉所用原料情況
我國的魚粉加工廠多分布在海魚生產基地如大連、威海、舟山等地，因而魚粉加工的原料以海產魚為主。海產魚的種類是很多的，其原料主要是沒有食用價值的海生小魚蝦等（這類魚體形小、長不大，性成熟時體重為20～60g左右）。另外，還有魚食品加工廠中的下腳料如：魚頭、魚刺、魚排、魚皮、魚內臟等。
1.2 原料對魚粉質量影響
海生小魚在國內大多用來加工魚粉。海生小魚在不同生長階段蛋白質含量不同，一般在性成熟前年齡越小蛋白質含量越高。海生小魚的種類不同，蛋白質含量也有差別，如棘魚比挺魚的蛋白質含量高。用魚頭、魚皮、魚內臟、魚翅等食品下腳料加工成的魚粉，其蛋白質和賴氨酸、蛋氨酸的含量低，且未知促生長因子含量少，促生產性能差。用魚排加工成的魚粉蛋白質含量高，鈣、磷含量高，但其吸收利用率低，維生素相對較少，其總體質量不如海生小魚所加工成的魚粉。
原料的新鮮程度也影響魚粉質量。從海里捕撈上岸的小魚有些直接送往魚粉加工廠進行加工，有些在岸邊晾曬一段時間（一般一到兩星期，長者兩三個月甚至半年）制成魚干，再用來加工魚粉。后者是小型魚粉加工廠的主要原料。魚晾曬時間越長，魚內未知促生長因子損失越大，其礦物質元素Ca、P、Fe、Cu、Zn等的吸收率也隨之逐漸降低，不飽和脂肪酸、維生素等也逐漸減少，脫脂率、適口性等也有所降低。
有些漁民受利益的驅使和長時間保存魚的需要，人為地往晾曬魚干里添加海鹽，致使魚的含鹽量很高，有的竟高達15%以上，這種魚干盡管比未加鹽的魚干外觀好看、好出售，但用來加工魚粉其質量大為降低。含鹽量高蛋白質就降低，而且使魚蛋白變性，魚粉的吸收利用率降低且適口性也差，飼喂畜禽易造成食鹽中毒。有些晾曬的魚干人為地加入砂子、土等雜質，用此加工魚粉其質量也明顯降低（捕撈上岸小魚一般皮膚破損所流出的黏液、脫落的魚鱗和海水、砂子、土等摻和在一起，附著在魚表面，不易被識破）。
2 魚粉加工
2.1 魚粉加工的方法
魚粉有國產魚粉和進口魚粉兩類。國產魚粉有脫脂膨化魚粉和粉粒狀魚粉，而脫脂魚干、魚塊、粗魚粉習慣上也視為魚粉的范疇。
不同的魚粉其加工方法不一樣，魚粉加工大體上分為：浸提、壓榨、滾烘、蒸提、粗加工等五種。進口魚粉采用浸提工藝，此加工方法是將捕撈的新鮮海魚先烘干，后粗粉碎，接著在高溫高壓下用有機溶劑進行萃取，最后再經細粉碎而成。秘魯、智利、厄瓜多爾等國的漁業公司生產魚粉采用的就是此法。國產優質魚粉多采用壓榨工藝即脫脂膨化工藝加工而成。新鮮的小海魚經壓榨工序脫去油脂，再經烘干使魚蛋白膨化，從而生產出脫脂膨化魚粉。滾烘法是目前國內大多魚粉廠家采用的方法。它是由晾曬的魚干和輔料經滾罐烘干并粉碎而成。蒸提是加工脫脂魚干的方法，即用高壓水蒸汽把魚蒸熟再經晾曬而成。粗加工是把晾曬的魚干和輔料經粉碎機粗粉碎。
2.2 加工方式對魚粉質量的影響
魚粉中魚蛋白和魚脂肪的含量是決定魚粉質量的關鍵因素，魚蛋白含量越高魚脂肪殘留越少，魚粉的品質就越好。而魚粉的加工方式對魚蛋白和魚脂肪的含量有明顯影響，經浸提工藝加工而成的進口魚粉，蛋白質較加工前幾乎沒有損失，魚中的油脂被脫凈，蛋白質含量高且魚粉不易變質。在國產魚粉中經壓榨而成的魚粉在壓榨過程中要損失一部分蛋白質（壓榨出的液體除含水、油脂外也有少量的蛋白質），油脂也不能全部脫凈，故蛋白質含量較進口魚粉低，限制性氨基酸、礦物質和維生素也相對稍低，但其吸收率高于進口魚粉。滾烘是國產魚粉最常用的加工方式。滾烘只是把魚簡單地烘干粉碎，并沒有脫去脂肪，而且要加入一些輔料（此方法加工需加入一些輔料，生產出的魚粉外觀好看便于銷售，若不加輔料外觀很難看），因而魚粉的蛋白質含量較低，雜質多。由于沒有脫脂也不宜長期保存，有時又人為地增加輔料的用量，魚粉的質量更難以保證。
經蒸提而成的脫脂魚干，魚所含脂肪只能脫去25%～40%，魚干內仍含有相當多的脂肪，其蛋白質的含量不高，低于脫脂膨化魚粉：但不易摻假，市場銷售看好。粗加工魚粉是把晾曬魚于加入輔料簡單地粗粉碎，其質量最差，尤其是衛生指標難以達標。因沒經高溫等殺菌處理，魚粉常有大量的致病性細菌，動物食用后容易引起胃腸疾病。該種加工方式已逐漸淘汰。對于不同的加工方式，魚粉的蛋，白質含量是不同的。一般來說浸提魚粉、壓榨魚粉、脫脂魚干、滾烘魚粉、粗魚粉其產品質量依次降低。
3 提高魚粉質量的途徑
綜上所述，可以看出提高魚粉的質量要從魚粉原料和加工方法兩方面著手。首先要盡量選用新鮮干凈的魚子和魚食品下腳料。若用晾曬的魚干作原料，要防止人為地往魚干里摻入大量的海鹽、砂子、土等雜質，而且晾曬存放時間不可過長。其次在加工方式上要大力提倡浸提工藝和壓榨工藝，逐漸淘汰不經脫脂的滾烘工藝。基于當前魚粉加工的現狀，即使采用滾烘工藝也要把住輔料添加這一關，防止受利益驅使而摻入大量輔料，另外要取締魚粉粗加工。
不同的原料和加工方式對魚粉質量指標的具體影響綜述如下：
1 魚粉原料
1.1 加工魚粉所用原料情況
我國的魚粉加工廠多分布在海魚生產基地如大連、威海、舟山等地，因而魚粉加工的原料以海產魚為主。海產魚的種類是很多的，其原料主要是沒有食用價值的海生小魚蝦等（這類魚體形小、長不大，性成熟時體重為20～60g左右）。另外，還有魚食品加工廠中的下腳料如：魚頭、魚刺、魚排、魚皮、魚內臟等。
1.2 原料對魚粉質量影響
海生小魚在國內大多用來加工魚粉。海生小魚在不同生長階段蛋白質含量不同，一般在性成熟前年齡越小蛋白質含量越高。海生小魚的種類不同，蛋白質含量也有差別，如棘魚比挺魚的蛋白質含量高。用魚頭、魚皮、魚內臟、魚翅等食品下腳料加工成的魚粉，其蛋白質和賴氨酸、蛋氨酸的含量低，且未知促生長因子含量少，促生產性能差。用魚排加工成的魚粉蛋白質含量高，鈣、磷含量高，但其吸收利用率低，維生素相對較少，其總體質量不如海生小魚所加工成的魚粉。
原料的新鮮程度也影響魚粉質量。從海里捕撈上岸的小魚有些直接送往魚粉加工廠進行加工，有些在岸邊晾曬一段時間（一般一到兩星期，長者兩三個月甚至半年）制成魚干，再用來加工魚粉。后者是小型魚粉加工廠的主要原料。魚晾曬時間越長，魚內未知促生長因子損失越大，其礦物質元素Ca、P、Fe、Cu、Zn等的吸收率也隨之逐漸降低，不飽和脂肪酸、維生素等也逐漸減少，脫脂率、適口性等也有所降低。
有些漁民受利益的驅使和長時間保存魚的需要，人為地往晾曬魚干里添加海鹽，致使魚的含鹽量很高，有的竟高達15%以上，這種魚干盡管比未加鹽的魚干外觀好看、好出售，但用來加工魚粉其質量大為降低。含鹽量高蛋白質就降低，而且使魚蛋白變性，魚粉的吸收利用率降低且適口性也差，飼喂畜禽易造成食鹽中毒。有些晾曬的魚干人為地加入砂子、土等雜質，用此加工魚粉其質量也明顯降低（捕撈上岸小魚一般皮膚破損所流出的黏液、脫落的魚鱗和海水、砂子、土等摻和在一起，附著在魚表面，不易被識破）。
2 魚粉加工
2.1 魚粉加工的方法
魚粉有國產魚粉和進口魚粉兩類。國產魚粉有脫脂膨化魚粉和粉粒狀魚粉，而脫脂魚干、魚塊、粗魚粉習慣上也視為魚粉的范疇。
不同的魚粉其加工方法不一樣，魚粉加工大體上分為：浸提、壓榨、滾烘、蒸提、粗加工等五種。進口魚粉采用浸提工藝，此加工方法是將捕撈的新鮮海魚先烘干，后粗粉碎，接著在高溫高壓下用有機溶劑進行萃取，最后再經細粉碎而成。秘魯、智利、厄瓜多爾等國的漁業公司生產魚粉采用的就是此法。國產優質魚粉多采用壓榨工藝即脫脂膨化工藝加工而成。新鮮的小海魚經壓榨工序脫去油脂，再經烘干使魚蛋白膨化，從而生產出脫脂膨化魚粉。滾烘法是目前國內大多魚粉廠家采用的方法。它是由晾曬的魚干和輔料經滾罐烘干并粉碎而成。蒸提是加工脫脂魚干的方法，即用高壓水蒸汽把魚蒸熟再經晾曬而成。粗加工是把晾曬的魚干和輔料經粉碎機粗粉碎。
2.2 加工方式對魚粉質量的影響
魚粉中魚蛋白和魚脂肪的含量是決定魚粉質量的關鍵因素，魚蛋白含量越高魚脂肪殘留越少，魚粉的品質就越好。而魚粉的加工方式對魚蛋白和魚脂肪的含量有明顯影響，經浸提工藝加工而成的進口魚粉，蛋白質較加工前幾乎沒有損失，魚中的油脂被脫凈，蛋白質含量高且魚粉不易變質。在國產魚粉中經壓榨而成的魚粉在壓榨過程中要損失一部分蛋白質（壓榨出的液體除含水、油脂外也有少量的蛋白質），油脂也不能全部脫凈，故蛋白質含量較進口魚粉低，限制性氨基酸、礦物質和維生素也相對稍低，但其吸收率高于進口魚粉。滾烘是國產魚粉最常用的加工方式。滾烘只是把魚簡單地烘干粉碎，并沒有脫去脂肪，而且要加入一些輔料（此方法加工需加入一些輔料，生產出的魚粉外觀好看便于銷售，若不加輔料外觀很難看），因而魚粉的蛋白質含量較低，雜質多。由于沒有脫脂也不宜長期保存，有時又人為地增加輔料的用量，魚粉的質量更難以保證。
經蒸提而成的脫脂魚干，魚所含脂肪只能脫去25%～40%，魚干內仍含有相當多的脂肪，其蛋白質的含量不高，低于脫脂膨化魚粉：但不易摻假，市場銷售看好。粗加工魚粉是把晾曬魚于加入輔料簡單地粗粉碎，其質量最差，尤其是衛生指標難以達標。因沒經高溫等殺菌處理，魚粉常有大量的致病性細菌，動物食用后容易引起胃腸疾病。該種加工方式已逐漸淘汰。對于不同的加工方式，魚粉的蛋，白質含量是不同的。一般來說浸提魚粉、壓榨魚粉、脫脂魚干、滾烘魚粉、粗魚粉其產品質量依次降低。
3 提高魚粉質量的途徑
綜上所述，可以看出提高魚粉的質量要從魚粉原料和加工方法兩方面著手。首先要盡量選用新鮮干凈的魚子和魚食品下腳料。若用晾曬的魚干作原料，要防止人為地往魚干里摻入大量的海鹽、砂子、土等雜質，而且晾曬存放時間不可過長。其次在加工方式上要大力提倡浸提工藝和壓榨工藝，逐漸淘汰不經脫脂的滾烘工藝。基于當前魚粉加工的現狀，即使采用滾烘工藝也要把住輔料添加這一關，防止受利益驅使而摻入大量輔料，另外要取締魚粉粗加工。
