水分是種子發芽的關鍵性因素，種子必需吸足水分方可使種子內部的酶及植物激素活化，促進種子體內貯藏物質的轉化，從而使其呼吸作用加強，促成種子的萌發。不同作物或同一作物的不同品種，對水分的要求各有差異，有些種子對水分較敏感，有些種子對水分要求不太敏感，要根據不同作物、不同品種的特性決定其發芽床的加水量，這樣可保證最大限度地提高種子的發芽率。
玉米 近幾年推廣的玉米種子分為硬粒、粉質、甜質等類型。硬粒型種子，按照規程規定使用砂床，加水量為其飽和含水量的60%，溫度20～30℃，5～6天就能達到發芽率計數標準；而對于粉質型、甜質型的有些品種，如沈單7號、丹2100、超甜2000，由于它們的芽勢弱，發芽緩慢，末次芽率計數需要9～10天。這類種子對水分要求比較嚴格，若中后期水分稍高，病菌和霉菌容易發生。因此，對這類種子發芽最好采取砂床，種子擺放時保持一定距離，前2天內砂床的含水量應控制在60%～65%，讓種子吸足水分后，3～5天內砂床的含水量應控制在55%左右，后期則應控制在45%～50%之間。如果發現有腐爛和發霉的種子，要及時剔除，并注意通風、透氣。對于我國北方地區晚熟的玉米、高粱品種，由于收獲時種子內部水分相對較大，當時的氣溫低，采用自然晾干困難，普遍采用烘干的方法，這類品種采用此種方法也很好。
水稻 水稻因外面有一層附屬物阻礙水分進入，吸水過程較長。如果溫度保持在28℃浸種的條件下，種子吸足水分需要24～28小時。如果不浸種，采用砂床或紙床使種子吸足水分，有兩個弊端；一是持續時間較長，發芽時間達到14天甚至更長，在高溫、高濕的情況下容易受真菌和霉菌的感染而降低發芽率。二是造成吸水不均、不充分也會影響發芽率。
大豆 大豆的種皮較薄，種胚較大，吸濕性強，從而導致種子發芽時對水分的要求較高。溫度和濕度稍高，就會使大豆發霉變質。因此對于含水量較高的大豆品種，特別要注意對水分的控制。置床時，發芽床始終要保持濕潤狀態。同時，水分不能過多，芽床的含水量較正常發芽要求低5%~8%。種子要均勻分布在發芽床上，種子之間的間距要留有相當于種子本身的4~5倍，以防發霉種子相互感染。如發現有霉菌滋生，要及時取出洗凈。有些大豆種子種皮非常薄，種子吸足水分以后，2片子葉容易脫離種皮而分瓣，在給此類品種發芽時，盡量少移動，如需移動，要輕拿輕放，不要用力過大。
