科技創新能力弱，技術裝備水平低。農藥品種仍以仿制為主，絕大多數企業研發投入占銷售收入比例不足1%；綠色環保產品少，高毒高殘留農藥占一定比例，仍未淘汰等。
農業部農藥檢定所所長隋鵬飛表示，除企業數量眾多，小、散、亂現象嚴重外，產品重復登記、同質化競爭異常激烈也是制約我國農藥工業發展的瓶頸。根據2014年中國農藥登記數據，我國近兩年農藥產品登記數量保持在3000個以上，2014年登記產品3374個，比上年僅減少了1.6%。
針對這樣的格局，《規劃》提出，鼓勵兼并重組、股份制改造，提高產業集中度，淘汰落后產能，到2015年，前20家農藥生產企業的原藥產量占總產量的50%以上；調整產品結構，重點發展高效、安全、環保的殺蟲劑和除草劑品種，使其占總產量的50%以上，高毒、高殘留品種的產量由5%降至3%以下等。
此外，各地配合今年1月1日開始施行的新《環保法》而制定的種種細化政策，也使農藥行業受到極大影響。一方面，這些政策要求農藥生產企業加大環保投資力度，提高了企業的生產成本；另一方面，它推動了環保不達標的落后小企業的淘汰。目前，這一“雙刃劍”效應已顯現。
據不完全統計，國內農藥主要上市公司有20家。與2013年相比，20家上市企業中有10家企業去年出現了總營業收入下降，有7家企業凈利潤出現負增長。
某企業事務總監朱慶華表示，國內農藥行業需要進一步大浪淘沙，行業在不斷洗牌。許多公司已經處于轉型中，開始生產更高效環保的產品。而這依賴于科技創新。
國際上農藥市場競爭激烈，許多國際性農藥公司，每年的科研投入占銷售收入的比例高達10%左右。而《規劃》提到，國內絕大多數企業研發投入占銷售收入比例不足1%，基礎研究薄弱，新產品開發后勁不足?！兑巹潯芬蟮?015年，大型和科技型農藥企業研發投入占銷售收入的比重達到5%以上，農藥全行業的研發投入占到銷售收入的2%以上。
