近年來，合肥市積極轉變養殖業發展方式，堅持規劃先行、政策引導、綠色發展，助推產業轉型升級。該市連續5年通過國家、省畜禽養殖業污染減排考核，所轄巢湖市入選為全國水產健康養殖示范縣創建試點縣。
合肥市畜牧水產局對全市畜牧水產業的發展布局進行了全面優化，明確優先發展肉羊、優質魚，適度發展生豬、家禽。目前，全市禁養區面積約3300平方公里，限養區面積約3200平方公里，適養區面積約3700平方公里。通過養殖區域劃分，為建設平安畜牧水產業、生態畜牧水產業、和諧畜牧水產業奠定了良好基礎。
嚴格執行養殖區域劃分規定，全市共投入補償資金達到3億元，對禁養區內的697家畜禽規模養殖場全部實施關閉或搬遷。累計統籌使用1個多億的畜牧水產業發展資金，以“畜禽水產良種化、養殖設施化、生產規范化、防疫制度化、糞污無害化”為目標，改造升級規模養殖場420家，鼓勵引導1600余家畜禽規模養殖場配套建設污糞處理設施，養殖廢棄物資源化利用率提高到80%。
該市堅持走種養結合的生態循環型養殖之路，制定實施稻田龍蝦、籠養蛋鴨等26項養殖地方標準，大力推廣豬—沼—果、豬—沼—稻、林下養雞以及發酵床養豬、池塘循環流水養魚等綠色養殖模式，培育出了肥東安泰、肥西杰祥、長豐科鑫、巢湖江濤、廬江鴻潤等一大批生態養殖企業。截至目前，全市稻田養殖面積達到10.8萬畝，稻田種養與傳統種植模式相比，農藥、化肥使用量下降50%以上，每畝效益提升了1000元左右。全市累計創建了31個國家級、省級畜禽養殖標準化示范場，創建了79個國家級水產健康養殖示范場，示范場全部實現養殖廢水達標排放。
