雖然我國近幾年一直在緊抓農藥殘留監測工作，農藥殘留監測體系也一直在逐漸完善，但不可否認的是，我國目前的農藥殘留監測體系仍然有很多不足之處，與發達國家還有很大差距，安全事故時有發生，具體有以下幾點問題。
1法律法規有待完善
我國《農藥管理條例》頒布于20世紀90年代，一些制度已與當前形勢和要求不相適應。具體表現在：限量標準制定與農藥登記脫節，農藥監管鏈條長，協同監管和信息共享不到位，殘留資料要求低且報告與國際不接軌，市場監測和農產品及食品進出口檢出而無殘留限量判定依據時缺乏明確的處理措施等。
2標準規范有待健全
我國雖然已制定3650個限量標準。但與CAC、美國和歐盟等相比，標準數量的差距很大。農藥殘留標準的缺失已成為影響各級政府依法履行農產品和食品安全監管職責的重要技術障礙。在農藥風險評估技術方面，我國還處于起步階段。技術力量薄弱和分散。相互間缺乏有效鏈接。與風險評估相關的機制體制不健全。另外，我國農藥殘留膳食攝入風險評估。特別是膳食消費數據等方面與國際接軌還有一定距離，對我國農藥殘留標準國際化步伐造成不小的阻礙。
3社會參與度有待進一步加強
我國當前標準制定主要由政府主導，標準制定計劃制定、經費投入和相關研究等二作都由政府及相關研究機構承擔。農藥殘留標準涉及農藥生產、農業生產、農產品和食品生產、檢驗檢疫和進出口等行業，直接關系到我國農藥及食品行業的國際貿易，但我國相關企業、行業協會參與標準制定的積極性和主動性不夠。
