當前，強制免疫過程中存在部分疫苗質量不高、養殖散戶免疫積極性不高、疫苗浪費等問題。對此，參加2016年全國農牧漁業大縣局長輪訓第6期培訓班畜牧大縣獸醫局長班的部分獸醫局長談了各自的看法。
四川省廣元市朝天區農業局局長張久全表示，畜牧業發展中動物防疫問題應放在首要位置。他建議，首先是適當下放疫苗采購層級。其次是補充疫苗采購目錄，拓寬疫苗選擇范圍。再其次是增強政府和獸醫部門的合作，共同提升防疫效果。
目前，針對部分養殖場(戶)對政府采購免疫疫苗存在信任感不強的問題，河南省輝縣市農牧局副局長琚海林提出：“應該明確養殖場(戶)自主防疫主體責任，通過獎罰結合的方法督促養殖場(戶)自主進行防疫，提升其自主防疫意識。”
對于如何優化動物疫病強制免疫疫苗采購途徑，山東省煙臺市牟平區采取了分類選擇的辦法。“牟平區的疫苗采購及使用主要分兩種情況。”該區畜牧獸醫局局長王立軍介紹，當地有一家養雞的上市公司，其免疫疫苗自行采購，公司每年年底統計數據，次年年初把數據上報到省(市)，然后省(市)對該公司進行補貼，這是第一種情況。第二種情況是針對其他養殖公司、養殖場(戶)的，他們的疫苗實行統一采購，然后由官方獸醫進行強制免疫。兩種方式并施，收到了較好的效果。
新疆生產建設兵團第三師動物衛生監督所所長劉紅陽則建議制訂免疫副反應導致畜禽死亡的補助標準。他介紹，第三師位于新疆喀什，經濟不發達，畜禽對養殖戶有維持生計的特殊意義。因此，他們需要相應的補助，保障基本收益。
