重慶是我國重要的中藥材產區，其濕潤的氣候，復雜的地形地貌，形成了重慶復雜多樣的生態環境，有利于多種生物共存，造就了重慶豐富的藥用植物資源。除主城及潼南外，全市各區縣均有中藥材種植。重慶現有中藥種質資源5832種，其中，屬重慶道地藥材和大宗傳統藥材30多種。
據介紹，重慶的中藥材產區主要分布在三峽庫區及大巴山區、武陵山區、渝中部低山區，而渝西丘陵區較少。尤其是大巴山、武陵山等中低山區，因為地勢起伏大，坡度陡，四季分明，季差大，日溫差大，雨量充沛但分布不均，植被生態垂直差異大，藥用植物資源十分豐富，所產中藥材品質較高，著名的有巫溪、巫山的天麻、黨參，開縣的木香，城口的太白貝母，石柱的黃連，酉陽的青蒿，秀山的金銀花等。
《重慶優質土特產地圖(中藥材篇)》，重點標注了18種重慶產量較大、品質較高的中藥材。以下為重慶部分優質中藥材：
開縣的地理環境非常的適合云木香的生長，該縣木香種植面積產量約占全國木香總產量的70%，年產量為5500多噸，占全國總產量的68.75%。所以，開縣是我國云木香產量最大的縣，也是木香產量最大的縣。
黃連為毛茛科黃連屬植物，藥材商品為“味連”，系常用名貴中藥，石柱縣是黃蓮的原始產區、中國黃蓮之鄉，所產因品質優良，被確定為“國藥”“地道黃蓮”。石柱黃連產量已占到全世界的40%，同時，這里有全國惟一的黃連交易市場，黃連不僅熱銷全國，還“飄香”到日本、馬來西亞、新加坡等50多個國家和地區。
