我國現在很多地區的土壤都出現了板結，土質下降，對未來我國農業的發展造成了嚴重的危害，未來改善土壤的狀況，生物菌肥被大量應用。生物菌肥由于含有大量的生物菌，通過生物菌的活動，不但可以改善土壤的理化性狀，提高土壤有機質的含量，而且具有解鉀、釋磷、固氮的功能。生物菌肥多以優質草碳為載體，其中草碳含有大量的植物必須的微量元素。這是其它化學肥料所不具備的。生物菌肥施入土壤后，以腐爛秸稈為載體，生物菌很快增殖，加速秸稈腐爛，并形成群體優勢分解土壤中被固定的且植物不能吸收利用的氮、磷、鉀，供植物吸收利用。
秸稈還田是把農作物秸稈直接粉碎后施入土壤中的一種方法。秸稈還田具有增加土壤有機質、提高土壤保水能力，具有提高作物產量，改善土壤性狀、結構等優點。
正因為微生物肥料是活制劑，所以其肥效與活菌數量、活動強度及周圍環境條件密切相關，而秸稈在微生物作用下的腐熟過程能為微生物提供營養物質，對微生物的生長繁育具有積極作用。在微生物的繁育過程中，秸稈被腐熟、消化，成為肥料。另外土壤中的微生物肥料對土壤凈化具有積極使用。
由此看來，利用微生物的特定功能還可以分解發酵城市生活垃圾及農牧業廢棄物而制成微生物肥料，是一條經濟可行的有效途徑。
