微量元素是馬鈴薯生長發育必不可少的，農作物在生長或生命活動中，需要多種營養元素，每種元素不能互相代替。有針對性地施用微量元素肥料，已成為進一步提高農作物產量和品質的重要措施之一。其中具有重大生理功能的有鋅、銅、硼、錳、鐵等。據測定，在塊莖增長期，馬鈴薯新鮮葉子中各種微量元素的含量鐵70~150毫克/千克，硼30~40毫克/千克，鋅20~40毫克/千克，錳30~50毫克/千克。馬鈴薯對錳的缺乏極其敏感，對硼、鋅的缺乏較敏感，但對銅、鐵、鋁的缺乏不敏感。從需要量來說，馬鈴薯對錳需要量很高，對硼、銅的需要量相對較低。
錳是一種重要的微量元素，施用適量的錳肥可以促進馬鈴薯出苗，使莖稈變粗，植株增高，僵苗率、塊莖腐爛率和塊莖帶斑率減少，抗逆性增強，平均單株重、平均產量和商品薯率增加，蛋白質、淀粉、總糖、還原糖等主要成分得到改善。錳能激活三羧酸循環中的某些酶，提高呼吸強度。在光合作用中，水的光解需要有錳參與，錳也是葉綠體的結構成分；缺錳時，葉綠體結構會破壞解體。馬鈴薯缺錳時，首先在新生葉脈間失綠黃化，而葉脈及其附近仍然保持綠色，脈紋較清晰，似同缺鎂，但缺鎂發生在下部葉片。缺錳嚴重時，馬鈴薯葉脈間發生黑褐色細小斑點。
硼能促進馬鈴薯碳水化合物的代謝、運輸以及細胞的分裂。施硼試驗結果表明，施硼的馬鈴薯前期（出苗至塊莖形成期）干物質積累量和對照差別不大。馬鈴薯中期（塊莖形成期至淀粉積累期）比對照區干物質增長幅度大，施硼區707千克/畝，增長速度為9.8千克/畝·日；對照區分別為675公斤/畝和7.9公斤/畝·日。塊莖形成期，施硼區馬鈴薯各生育階段養分吸收量和吸收強度均明顯高于同期對照區。馬鈴薯施硼試驗結果表明，基施硼肥土壤有效硼含量≤0.240毫克/千克時，馬鈴薯增產率在20%以上；有效硼含量≤0.50毫克/千克時，馬鈴薯增產率在15%以上；有效硼含量>0.5毫克/千克時，增產率在10%以下。噴施硼肥時，土壤有效硼含量≤0.20毫克/千克時，噴施硼肥后馬鈴薯增產率在20%以上；有效硼含量≤0.50毫克/千克時，馬鈴薯增產率在10%以上；當土壤有效硼含量>0.5毫克/千克時，增產率仍在10%以上。說明土壤有效硼含量在0.5毫克/千克以下時，以施基施比較適宜；在0.5毫克/千克以上時，以噴施較為適宜。馬鈴薯植株體內硼的含量低于某一濃度時，就會出現某些缺素癥狀。一般癥狀是生長點壞死、花器官發育不全、根系發育不良。
鋅能夠參與馬鈴薯葉綠素的合成，促進馬鈴薯光合作用；鋅是80多種酶的組成成分，如堿性磷酸酯酶、各種脫氫酶、過氧化物歧化酶等，參與蛋白質合成，鋅是RNA聚合酶的成分，鋅與鐵、銅等一起抑制RNA酶活性；鋅是多種酶的活化劑和穩定劑；鋅參與生長素的合成，是吲哚乙酸合成必需的物質。馬鈴薯缺鋅時，株型矮小，葉小畸形，葉脈間失綠或黃化，嚴重影響馬鈴薯的產量和品質。
鐵Fe是植物吸收的主要形式，螯合態鐵也可被吸收。在馬鈴薯植株體內，大部分鐵存在于葉綠體中。鐵不是葉綠體的組分，但合成葉綠素必須有鐵存在。缺鐵時，葉綠體結構被破壞，導致葉綠素不能形成。嚴重缺鐵時，葉綠體變小，甚至解體或液泡化。鐵在馬鈴薯植株體內移動性很小，缺鐵常在幼葉上表現出失綠癥。鐵與光合作用有密切的關系。它不僅影響光合作用中的氧化還原系統，而且參與光合磷酸化作用，直接參與二氧化碳還原過程。因此，鐵也是馬鈴薯生育過程中必不可少的。
